小儿泌尿外科自1958年医院成立以来，即是小儿外科的主要组成部分。1978年正式成立了泌尿外科专业组，2008年成立独立专业病房，2011年建成独立科室。经过50多年的不断发展，泌尿外科已发展成为拥有两位正高级医师，三位副高级医师，三位主治医师组成的固定队伍，拥有博士学位2人，硕士学位5人，中华医学会小儿外科分会泌尿学组委员2人。固定床位45张。

目前泌尿外科在先天性肾脏输尿管畸形、尿道下裂等常见病的诊治；肾脏、膀胱及前列腺肿瘤的手术治疗；膀胱外翻、神经原性膀胱等严重、少见畸形纠治，泌尿系统结石诊治等方面均已达到国内先进水平。为使病人得到全面的治疗，该科在疾病诊治中注重学科交叉与合作，例如与肿瘤外科合作采用综合治疗手段提高小儿泌尿系肿瘤的生存率；与肾脏内科合作诊治膀胱输尿管反流、神经原性膀胱等疾病，提高治疗效果；与内分泌科和心理科合作为性发育异常患儿提供系统且个体化的治疗等等。努力实行以病人为中心的医疗服务方式。

科室在国内率先开展微创伤手术和腔内手术，微创治疗已成为该科的一大特色和亮点。小儿泌尿外科的常见疾病如先天性肾积水手术、重复肾、巨输尿管、膀胱输尿管反流、肾发育不良肾、腹内睾和精索静脉曲张等，均已采用腹腔镜手术，减轻了小病人的损伤和疼痛，加快了术后恢复，获得了广泛的赞誉。近年来，在此基础上大量开展经脐单切口腹腔镜手术，进一步减轻疼痛并且取得无疤痕的手术效果，达到国际先进水平。

每年收治来自全国各地及海内外的诸多疑难杂症，成为先天尿路畸形、复杂性尿道损伤、性别异常、微创和腔内外科的诊治中心。接纳全国各地来院进修泌尿外科的学员，并广泛开展国际交流，了解最新的科研动态、掌握先进的临床技能。多年来小儿泌尿外科专业获4次卫生部科技进步奖、1次国家医药局科研成果奖、1次恩德斯泌尿医学奖等多项种奖励。发表论著80余篇，参加编写专著10余篇。