复旦大学附属儿科医院新生儿科创建于1953年，在金汉珍、樊绍曾、邵肖梅等老一辈著名专家领导下，各方面取得了快速发展。目前，新生儿科是国家临床重点专科，上海市医学重点学科，上海市危重新生儿会诊抢救中心。设有卫生部新生儿疾病重点实验室，国家儿童医学中心新生儿临床中心，上海市新生儿科临床质量控制中心。在编新生儿专科医师36名，博士生导师4名，硕士生导师2名。是我国最大的新生儿医疗中心、人才培训中心、学术交流中心、科研基地之一。曾3次获得上海市劳动模范集体和上海市五一劳动奖状等荣誉。
新生儿科主任：陈超教授新生儿科在岗医师护士210人，新生儿专科医师36名，其中教授（主任医师）6名，副教授（副主任医师）6名，主治医师18名，专科住院医师6名，轮转住院医师45名，护士150多名。中青年专科医师90%以上具有博士学位，所有中青年专科医师轮流去加拿大著名医院新生儿NICU接受1～3年的新生儿专科医师（clinicalfellow）培训，担任独立值班，已有28名新生儿专科医师完成培训回科里工作，通过国际化培训，掌握先进的新生儿临床技术，具有良好的临床思维和国际视野。
目前新生儿科开放床位250张，设有重症监护病房（NICU）、早产儿病房和足月儿病房，其中重症抢救单元100张。新生儿科设备齐全，监护仪180台，呼吸机38台，CPAP、BiPAP、NIPPV和无创高频等无创呼吸机45台。每年收治各类新生儿病例6000多例，以危重病例、疑难病例、早产儿、先天性疾病为主，每年收治极低出生体重儿400多例，超低出生体重儿100多例。新生儿科不断开展临床新技术，开展24小时全天候的危重新生儿院前转运，开展各种呼吸管理、吸入一氧化氮、亚低温、血液净化（CRRT）、体外膜肺氧合（ECMO）等先进救治技术，开展各种新生儿外科手术。住院新生儿病死率明显下降，极低出生体重儿存活率达到世界先进水平。每天开设新生儿专科急诊和新生儿随访门诊。
积极开展新生儿医学的基础和临床研究，积极开展全国性多中心临床研究，卫生部新生儿疾病重点实验室有1000多平方米，是我国新生儿专业的重要科研基地。主要研究领域有：新生儿脑发育与脑损伤的防治，新生儿肺发育与呼吸支持技术，新生儿免疫发育与感染的防治，新生儿胃肠疾病与营养支持，早产儿救治技术，早产儿视网膜病防治，新生儿遗传代谢疾病等。近年新生儿科共承担国家自然科学基金课题32项，其他国家级科研项目6项，国际合作项目5项、卫生部课题5项，教育部课题8项，上海市课题11项等。曾多次获得中华医学科技奖、宋庆龄儿科医学奖、上海市科技进步奖、上海市医学科技奖等。
新生儿科是我国新生儿专科人才主要培训中心之一，是上海市新生儿专科医师培训基地，为我国新生儿医学的发展起到重要作用。目前每年招收新生儿专业博士和硕士生15名，在读博士、硕士研究生40多名。每年招收来自全国各地的新生儿专科进修医师60多名，短期参观学习30多名，进修护士30多名。每年举办5～6项国家级继续教育项目，接受培训学员1000多名。积极开展国际合作的新生儿专科医师培训，2004年开始与加拿大全国新生儿协作网合作，建立国际新生儿-围产医学培训项目，已为全国培养92名新生儿高级专业人才。
积极参加国际国内学术会议和举办学术会议。1987年举办第一次全国新生儿学术会议。2007年开始每两年举办一次“上海国际新生儿医学论坛”，2017年举办了第6届上海国际新生儿医学论坛，该论坛是我国最大的新生儿国际学术交流平台。2016年开始举办亚洲新生儿医学论坛。同时还经常举办其他学术研讨会。主编我国新生儿专业的经典专著《实用新生儿学》。每年发表论文30～40篇，SCI论文15篇。
新生儿科历任学科带头人在全国相关学会担任重要职务，先后担任中华医学会围产医学分会副主任委员、中华医学会儿科分会新生儿学组组长和副组长、中国医师协会新生儿科医师分会副会长、早产儿专业委员会主任委员、上海市医学会围产医学分会主任委员、上海市医学会儿科分会副主任委员、上海市新生儿学组组长等。
新生儿专科急诊：每天8：00～20：00开放新生儿专科急诊，所有新生儿就诊都可以挂号新生儿专科急诊，是新生儿就诊的绿色通道。
新生儿随访门诊：每周一～四下午开放新生儿随访门诊，所有从新生儿科出院患者都可以挂号新生儿随访门诊，为新生儿疾病复诊、生长发育、营养状况、远期预后、康复等提供便利。
