1958年7月正式组建了隶属于外科的麻醉专业组，开展小儿临床麻醉工作。在我国麻醉学创始人吴珏教授的细心呵护、专心指导与大力支持，及方兆麟、蔡祝辉等教授示范、指导下，复旦大学儿科医院麻醉科医生通过大量的临床实践，逐步摸索出一套具有复旦大学儿科医院特色的小儿麻醉方法。1985年麻醉专业组与外科脱离隶属关系，正式建立麻醉科，成为一个独立的科室，开创了复旦大学儿科医院小儿麻醉的新时期。九十年代初，派人赴日本进修学习，带回了国外先进的麻醉、监护技术和管理理念，将复旦大学儿科医院的小儿麻醉水平提高到一个新的高度，缩短了与国际先进水平的差距。以后随着一批本科生的进科及硕士研究生的培养，从根本上提高了麻醉科的人员素质，使麻醉科的人才结构发生了质的变化。今天的麻醉科梯队结构合理，后备力量充足，仪器设备配置充分，麻醉监护手段齐全，小儿麻醉水平居国内领先。1997年起，率先在国内开展小儿术后硬膜外吗啡持续镇痛，取得了良好的效果，在此基础上，又逐步将静脉持续镇痛、病人自控镇痛（PCA）应用于临床，将麻醉的工作范围扩展至整个围术期。2001年引进喉罩等新技术，进一步丰富了小儿麻醉方法。几十年来，麻醉科的业务工作量有了长足的发展，从最初的每年几百例，增加到现在的每年的4000多例，麻醉病人的手术种类也由最初的斜疝、阑尾炎等简单手术，到目前的复杂先心、膈疝、胆道闭锁、重要脏器功能衰竭、创伤性休克等，以及合并有多种复杂情况的危重低出生体重儿，甚至极低出生体重儿。此外，腹腔镜手术、心血管介入疗法、CT、核磁共振等的麻醉，都已成为麻醉的常见内容。