神经内科是复旦大学附属华山医院的特色学科之一，由著名神经病学家张源昌教授创立于1950年，1980年成立卫生部批准的神经病学研究所，1981年成为全国首批神经病学博士学位授予点。90年代初，吕传真教授领衔学科的新一轮建设，形成脑血管病、神经免疫疾病、运动障碍及退行性疾病、癫痫与睡眠障碍的四大专业方向，1995年成为上海市医学领先专业重点学科，2000年被列为复旦大学“985工程”建设学科。

目前是WHO神经科学研究和培训合作中心、教育部国家重点学科、复旦大学“985”工程的III期“重中之重”建设学科、国家医学神经生物学重点实验室的临床部分。临床上拥有病床92张和神经病理、生化、免疫、细胞分子、临床药理、神经流行病、神经心理、脑电图、肌电图和TCD等有关临床检查和研究室。

目前临床研究重点在4个方向：（1）脑血管病的规范化治疗，包括急性溶栓治疗、卒中随访门诊、以及卒中筛查与干预，着重开展国内外新药的临床试验以及新治疗技术的开发研究；（2）神经系统自身免疫病，特别是重症肌无力、多发性硬化、格林-巴利等方面进行临床研究，尤其在临床诊断规范与新技术的开发研究；（3）帕金森氏病和老年痴呆等老年神经疾病的早期分子显像诊断技术的临床与基础研究；（4）癫痫和睡眠障碍等疾病全面疾病管理的临床研究。

除各类特需、疑难病门诊以外，还设有各种近14种神经科专病门诊，包括重症肌无力和肌病门诊、卒中筛查门诊、癫痫门诊、帕金森病和运动障碍门诊、肉毒素治疗运动障碍门诊、运动神经元疾病、脊髓疾病门诊、多发性硬化等脱髓鞘病门诊、慢性头痛门诊、头晕门诊、神经病理性疼痛门诊、记忆障碍门诊、睡眠障碍门诊、神经遗传疾病门诊等。

在新一轮的学科建设中，华山医院神经内科拥有临床床位92张，年收治病人2500人以上，门诊就诊病人达32万人次，成为上海市规模最大的综合神经专科，专业方向发展符合国家重大疾病研究的需求。由董强教授领衔的脑血管病专业组作为中华医学会神经病学分会的全国脑血管病学组副组长单位，2003年牵头上海市科委“卒中单元模式建立与示范”重大攻关项目，2004年获卫生部科技教育司十年百项计划项目“中国卒中中心建设项目”建立上海卒中培训中心。现每年收治超过600例卒中患者，建立了历时10年的卒中专病门诊，年随访卒中患者超过7000例次；是上海市医学领先专业的重点学科、2008年公益性行业科研专项研究“卒中医疗服务标准”的实施单位。洪震教授领衔癫痫专业组，作为中华医学会神经病学分会的癫痫学组组长单位和复旦大学癫痫诊治中心，拥有癫痫监测病房、年收治住院癫痫患者超过200例，并拥有华东地区建立最早、最大的癫痫专病随访门诊，年随访癫痫患者超过2000例次；在癫痫的规范治疗、癫痫病人的生活质量和认知水平的研究均居国内领先地位。吕传真教授、卢家红教授带领的神经免疫病专业组在重症肌无力研究居国内外领衔地位，是2004年上海市卫生局“上海市重点学科”建设项目之一，拥有国内最大的神经和肌肉的标本库，成为上海市唯一的肌病诊断中心。蒋雨平教授、王坚副教授领衔神经变性病专业组，是全国诊治帕金森病的领先单位，是国家十五攻关项目“帕金森病早期诊断”的牵头单位，在帕金森病环境致病因素系列研究、多巴转运体标记技术用于帕金森病的早期诊断居国际领先地位。在神经遗传方面，引进了复旦大学特聘教授吴志英教授开展Wilson氏病、Kennedy病、肌营养不良等基因的检测，开辟了神经内科新的临床与基础研究领域。

目前学科有教授8名，副教授15名，其中博士生导师4名，硕士生导师12名。