华山医院肾脏专业创建于1964年，当时由邱传禄教授任组长，邱教授对肾病专业极为热爱，积极开创了肾脏病专业的临床医疗工作和教学工作。他在60年代初就在全国首先开展了肾穿刺和腹膜透析。70年代中期配合泌尿科在全国首先进行了肾脏移植手术，且首例患者至今仍成活。在80年代中期，邱传禄教授担任了中华肾脏病学会第二届主任委员。正因为邱教授的多项开创性成就，他被公认为是我国肾脏病专业的三大创始人之一。在80年代后期，林善锬教授开始担任肾脏科主任，林教授是邱教授的得意弟子，曾多次赴美深造，回国后，他以满腔热情和先进的知识与技术，积极开展了肾脏科的扩建和发展，并在国内率先开展了一系列关于水盐代谢和高血压等科研工作，取得了丰硕成果。林善锬教授在1998年当选为中华肾脏病学会第五届主任委员。2001年当选为国际肾脏病学会理事。上世纪90年代末，顾勇教授开始担任肾脏科主任。现任中华肾脏病学会常委，上海市肾脏病学会副主任、青年学组组长。肾脏科在顾勇教授的带领下，在临床医疗工作中，开创了一系列临床新技术，其中包括血脂分离在内的新的血液透析项目。与此同时，顾勇教授还在林善锬教授的指导下，带领全科人员，积极开创了一系列的科研工作，并取得了较好的成果。科室被列为复旦大学“985工程”重点扶植学科，先后入选了我国211工程I期和II期工程，并被教育部评为重点学科。目前设有肾脏病专科门诊、中西医结合肾病门诊、肾病专家门诊、腹膜透析专科门诊、肾移植专科门诊等，年门诊就诊量约1万人次。并设有病床26张，有各种透析机48台，开展了多种血液透析、血浆置换、持续性肾脏替代治疗（CRRT）等，年透析人次约两万一千余次。希望通过211及重点学科的建设将该科建设成代表当代肾脏科发展方向，在治疗上能成为处理肾脏科难题重症的全国会诊中心、科研上能在肾脏与全身性疾病以及全身性疾病与肾脏关系的特点方面领先，成为全国高层次肾脏病学医疗、科研基地。

并拥有一个生化实验室和一个病理和分子生物学实验室。科室目前科研经费有数百万。