南京治疗灰指甲比较好的医院有南京市第一医院、江苏省人民医院、东部战区总医院、南京鼓楼医院、南京市中医院等。这些医院在皮肤科诊疗领域具有丰富的经验，医疗设备，能够为患者提供专业的灰指甲治疗方案。其中，南京市第一医院皮肤科在真菌感染治疗方面技术成熟；江苏省人民医院皮肤科拥有完善的实验室检测体系；东部战区总医院在顽固性灰指甲的综合治疗上经验丰富。
1.南京市第一医院
南京市第一医院皮肤科是江苏省临床重点专科，设有专门的真菌实验室。该科室采用镜检、培养等检测手段诊断灰指甲类型，针对不同致病菌开展个性化治疗。医院引进的308nm准分子激光治疗仪对顽固性灰指甲效果显著，配合口服抗真菌药物和外用制剂，率保持在较高水平。科室还开展甲板剥离术等外科处置，对于严重变形的病甲能进行有效处理。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院皮肤科拥有江苏省皮肤病与性病医疗质量控制中心。在灰指甲治疗方面，科室采用KOH镜检、真菌培养及分子生物学检测进行诊断。治疗上形成药物浸泡、封包、激光治疗等综合体系，特别对糖尿病等合并症患者的灰指甲治疗具有独特方案。医院配备的半导体激光治疗仪能有效穿透甲板杀灭真菌，减少口服药物的。
3.东部战区总医院
东部战区总医院皮肤科在难治性灰指甲诊疗方面优势突出。科室引进德国进口的皮肤镜系统，可清晰观察甲下真菌感染情况。采用国际标准的伊曲康唑冲击，配合新型抗真菌外用药剂，对厚甲型灰指甲治果显著。医院特有的中药浸泡联合光动力，能有效解决传统治疗耐药性问题。对于伴有甲沟炎的患者，科室开展微创甲床成形术等特色治疗。
4.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院皮肤科是南京市医学重点学科，在灰指甲诊疗领域经验丰富。科室建立真菌检测快速通道，采用荧光染色技术提高检出率。治疗方面形成药物、物理、手术相结合的阶梯式方案，配备有进口激光治疗设备。针对儿童灰指甲患者，科室开发了低剂量脉冲式给药方案，确保治疗性。医院还开展灰指甲复发预防的健康教育项目。
5.南京市中医院
南京市中医院皮肤科在中西医结合治疗灰指甲方面特色鲜明。科室研发的复方土槿皮酊等中药制剂对浅表白斑型灰指甲效果显著。采用中药熏蒸配合西药封包的治疗模式，能有效改善甲板通透性。医院特有的火针适用于局限性甲真菌病，配合中药浸泡可加速病甲脱落。对于肝肾功能异常患者，科室提供个性化中药调理方案，降低传统抗真菌药物的肝肾毒性。
