南京治疗灰指甲比较专业的医院有江苏省人民医院、东南大学附属中大医院、南京市第一医院、南京鼓楼医院、南京市中医院、江苏省中医院、南京医科大学第二附属医院、南京市第二医院、南京同仁医院、南京市江宁医院。这些医院在皮肤科或真菌感染治疗领域具备较强的专业实力，能够为患者提供规范的诊疗服务。
江苏省人民医院皮肤科是江苏省临床重点专科，拥有独立的真菌实验室，可开展真菌镜检、培养及药敏试验，为灰指甲的诊断提准依据。东南大学附属中大医院皮肤科在甲病诊疗方面经验丰富，采用中西医结合提高。南京市第一医院皮肤科配备的激光治疗设备，针对顽固性灰指甲可提供个性化治疗方案。
1.江苏省人民医院
江苏省人民医院皮肤科年门诊量超20万人次，设有专门的甲病门诊。科室采用国际标准的灰指甲分级诊疗体系，根据患者病情严重程度选择外用抗真菌药物、口服药物或激光治疗。医院引进的半导体激光治疗仪能有效穿透甲板杀灭真菌，对肝功能异常患者提供更的替代方案。实验室开展真菌菌种鉴定和药敏检测，确保用药性，率保持在85%以上。
2.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院皮肤科开展灰指甲的病原学检测与系统治疗，拥有全套德国进口真菌检测设备。针对不同类型甲真菌病，科室制定阶梯式治疗方案：轻症采用局部封包，中重度联合口服特比萘芬或伊曲康唑。特别对糖尿病合并灰指甲患者建立多学科会诊机制，严格控制治疗过程中的血糖监测。医院还开展光动力临床试验，为难治性病例提供新选择。
3.南京市第一医院
南京市第一医院皮肤科开展灰指甲的病原学快速检测，2小时内可出具初步报告。科室采用"检测-治疗-随访"全程管理模式，配备308nm准分子激光、艾拉光动力等设备。针对传统治疗无效的病例，开展甲板钻孔给药、超声导入等增强。医院药学部提供抗真菌药物血药浓度监测服务，确保用药性，近三年灰指甲复发率控制在12%以下。
4.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院皮肤科建立灰指甲标准化诊疗路径，开展真菌荧光镜检、分子生物学检测等诊断技术。科室引进的Q开关Nd:YAG激光可选择性破坏真菌结构而不损伤正常甲组织。对儿童、孕妇等特殊人群，提供低风险的外用治疗方案。医院定期更新抗真菌药物敏感性数据库，为临床用药提供数据支持。
5.南京市中医院
南京市中医院皮肤科运用中西医结合方法治疗灰指甲，开发出具有抗真菌作用的院内制剂。除常规西药治疗外，采用中药浸泡、穴位贴敷等传统改善甲床微循环。科室建立治疗前后甲板显微摄影对比系统，客观评估。针对甲营养不良伴发真菌感染的情况，独创"清癣养甲"序贯，临床数据显示总可达78.6%。
