南京治疗灰指甲比较好的医院有江苏省人民医院、东南大学附属中大医院、南京市第一医院、南京鼓楼医院、江苏省中医院等。其中江苏省人民医院皮肤科在真菌感染诊疗方面经验丰富，设备；东南大学附属中大医院皮肤科拥有专业的真菌实验室，诊断准确率高；南京市第一医院皮肤科采用中西医结合，对顽固性灰指甲治果显著。
1、江苏省人民医院
江苏省人民医院皮肤科是江苏省临床重点专科，在灰指甲诊疗方面具有明显优势。科室配备的全自动真菌培养系统、分子生物学检测设备，能够快速准确鉴定致病真菌种类。针对不同类型灰指甲患者，提供个性化治疗方案，包括口服抗真菌药物、局部药物渗透、激光治疗等综合手段。医院特别注重治疗后的随访管理，建立患者档案跟踪，复发率控制在较低水平。
2、东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院皮肤科设有独立的真菌病诊疗中心，拥有江苏省内的真菌检测平台。采用KOH镜检、真菌培养、病理检查三重诊断体系，确保灰指甲诊断准确性。在治疗方面创新使用308nm准分子激光联合抗真菌药物，对甲板增厚型灰指甲效果显著。医院还开展真菌耐药性监测，根据药敏结果选择有效药物，治疗超过90%。
3、南京市第一医院
南京市第一医院皮肤科采用中西医结合方法治疗灰指甲，形成特色诊疗方案。西医方面引进德国Waldmann紫外线治疗仪，配合新型抗真菌药物；中医方面开发中药浸泡方剂，促进病甲脱落和新甲生长。科室建立灰指甲专病门诊，实行"一人一档"管理，治疗周期缩短30%。针对儿童、孕妇等特殊人群，提供性更高的物理治疗方案。
4、南京鼓楼医院
南京鼓楼医院皮肤科开展灰指甲的规范化诊疗，拥有全套真菌检测设备。采用国际标准的诊疗流程，从取样到出报告不超过48小时。治疗上根据指甲受累程度分级处理，轻度采用封包，中重度使用口服药物联合激光治疗。医院特别重视患者教育，制作详细的用药指导和预防复发手册，帮助患者建立正确的疾病认知。
5、江苏省中医院
江苏省中医院皮肤科发挥中医药特色治疗灰指甲，研制出系列中药外用制剂。采用"浸泡-封包-修甲"三步，配合中药离子导入技术，有效解决药物渗透难题。针对抗真菌药物耐药患者，开发中药复方替代治疗方案。医院定期开展灰指甲专病义诊活动，提供免费真菌检测和健康咨询服务，深受患者好评。
