南京治疗小儿脑瘫比较好的医院有南京儿童医院、江苏省人民医院、南京脑科医院、东南大学附属中大医院、南京市妇幼保健院等。其中，南京儿童医院在小儿神经系统疾病诊疗方面经验丰富，拥有专业的康复团队和的治疗设备；江苏省人民医院儿科综合实力强，尤其在儿童神经康复领域具有较高声誉；南京脑科医院在儿童神经精神疾病及脑瘫的早期干预方面特色突出。
1.南京儿童医院
南京儿童医院神经内科是江苏省临床重点专科，设有专门的脑瘫康复中心。医院采用国际通用的GMFCS分级评估系统，结合运动、作业、言语治疗等综合康复手段。配备三维步态分析仪、经颅磁刺激仪等设备，开展肉毒素注射、选择性脊神经后根切断术等特色治疗。医院每年接诊脑瘫患儿超千例，建立了从早期筛查到终身随访的全周期管理模式。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院康复医学科是国家临床重点专科，儿童康复亚专业组针对不同年龄段脑瘫患儿制定个性化方案。创新性开展虚拟现实训练、机器人辅助步态训练等新技术，拥有江苏省规模大的儿童康复治疗区。医院特别关注脑瘫患儿的社交能力培养，开设家长学校指导家庭康复。其多学科协作模式整合了儿科、神经外科、骨科等多领域资源。
3.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心在脑瘫共患病诊治方面优势显著，尤其擅长处理伴随癫痫、智力障碍等复杂病例。医院采用国际的Bobath、Vojta等神经发育学，建立"医院-社区-家庭"三级康复网络。特色项目包括脑瘫早期预警筛查、基因检测指导治疗等，其高危儿随访门诊有效降低了重度脑瘫发生率。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科康复中心注重中西医结合治疗，将传统针灸、推拿与现代康复技术相结合。医院开展治疗临床研究，建立脑瘫生物样本库用于医疗探索。针对学龄期患儿设有特殊教育衔接课程，其康复效果评估体系被全省多家机构采用。
5.南京市妇幼保健院
南京市妇幼保健院儿童康复科重点开展0-3岁脑瘫超早期干预，拥有江苏省新生儿行为神经测定培训基地。医院创新应用全身运动质量评估技术，能在婴儿3月龄前预测脑瘫风险。特色项目包括母婴同步康复、水疗康复等，其高危儿干预成功率居全省前列。
