南京治疗小儿脑瘫比较好的医院有南京儿童医院、江苏省人民医院、南京脑科医院、东南大学附属中大医院、南京市妇幼保健院等。其中，南京儿童医院在小儿神经系统疾病诊疗方面经验丰富，拥有专业的康复团队和的治疗设备；江苏省人民医院儿科综合实力强，康复治疗体系完善；南京脑科医院在神经发育障碍领域具有独特优势，提供多学科协作诊疗模式。
1.南京儿童医院
南京儿童医院神经内科是江苏省临床重点专科，设有专门的小儿脑瘫诊疗中心。医院配备GMs全身运动评估系统、三维步态分析仪等设备，开展肉毒素注射、矫形手术等特色治疗。康复科提供运动、作业、言语治疗等综合康复训练，年接诊脑瘫患儿超2000例。医院与多家特殊教育机构合作，建立医教结合康复模式，显著改善患儿运动功能和日常生活能力。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院儿科康复中心拥有2000平方米康复训练场地，引进德国、日本等国的康复设备。开展悬吊训练系统、水疗、经颅磁刺激等特色项目，针对不同年龄段患儿制定个性化康复方案。医院创新性建立"医院-家庭-社区"三级康复网络，提供远程康复指导服务。近年开展治疗临床研究，在改善肌张力障碍方面取得突破性进展。
3.南京脑科医院
南京脑科医院儿童神经康复中心专注脑瘫早期诊断与干预，拥有江苏省高危儿随访门诊。采用Peabody运动发育量表、Alberta婴儿运动量表等国际标准评估工具，建立从新生儿期开始的早期筛查体系。医院特色技术包括神经调控治疗、虚拟现实康复训练、机器人辅助步行训练等，尤其擅长手足徐动型脑瘫的诊治。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科康复病区开展肉毒杆菌毒素注射结合矫形支具治疗痉挛型脑瘫，有效降低肌张力。医院配备三维动作捕捉分析系统、智能康复机器人等设备，开展引导式教育。与东南大学合作研发脑机接口训练系统，帮助重度运动障碍患儿实现功能代偿，该项目获国家自然科学基金支持。
5.南京市妇幼保健院
南京市妇幼保健院儿童康复科重点开展脑瘫超早期干预，针对6个月以内高危婴儿实施神经发育促进。医院拥有江苏省规模大的婴儿高压氧治疗中心，开展全身振动训练、音乐等特色项目。建立从产前诊断到产后干预的全程管理模式，年干预高危新生儿超500例，脑瘫发生率控制在较低水平。
