南京治疗肾结石比较好的医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、南京市第一医院、南京医科大学第二附属医院等。其中江苏省人民医院泌尿外科设备，拥有多套体外冲击波碎石系统，年手术量位居全省前列；南京鼓楼医院结石诊疗中心配备全套德国进口腔镜设备，可开展各类微创取石手术；东部战区总医院在复杂肾结石的经皮肾镜手术方面经验丰富，建立了标准化结石成分分析实验室。
1、江苏省人民医院
江苏省人民医院泌尿外科是江苏省临床重点专科，肾结石诊疗水平处于国内地位。科室拥有第四代EMS超声联合气压弹道碎石清石系统、多尼尔DeltaII体外冲击波碎石机等设备，年完成结石手术超过2000例。针对不同病情可开展体外冲击波碎石、输尿管软镜碎石、经皮肾镜取石等个性化治疗方案。医院还建立了结石代谢评估门诊，为患者提供结石成分分析和预防指导服务。
2、南京鼓楼医院
南京鼓楼医院泌尿外科结石诊疗中心是华东地区规模较大的结石微创治疗基地，配备Storz超高清输尿管软镜、Olympus电子输尿管镜等进口设备。在鹿角形结石治疗方面独创"三步法"手术方案，使复杂结石清除率达到95%以上。中心开展24小时急诊碎石服务，建立结石患者全程管理系统，提供术后随访和复发预防指导。近年来引进红外光谱结石分析仪，可精确检测结石成分。
3、东部战区总医院
东部战区总医院泌尿外科在经皮肾镜手术领域具有显著优势，独创"彩超引导一步法"建立经皮肾通道技术。科室拥有瑞士EMS第五代碎石航母、多尼尔CompactDelta体外碎石机等设备，年完成经皮肾镜手术800余例。针对感染性结石开展细菌培养指导下的个体化治疗，建立结石成分数据库为患者提准预防方案。医院还设有结石专科急诊，配备移动式C臂X光机满足急诊手术需求。
4、南京市第一医院
南京市第一医院泌尿外科是南京市医学重点学科，在输尿管软镜碎石手术方面经验丰富。科室引进德国铂立可视穿刺系统，实现经皮肾镜手术全程可视化操作。针对儿童肾结石开展mini经皮肾镜技术，建立儿童结石专病门诊。医院配备双源CT结石分析系统，可三维重建结石形态指导手术规划。
5、南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院泌尿外科开展结石代谢评估与防治一体化诊疗，拥有全套德国Wolf经皮肾镜系统。在肥胖患者结石治疗方面创新采用斜仰卧位手术体位，提术性。科室建立结石成分光谱分析实验室，开展24小时尿酸结石急诊溶石治疗。医院还开发结石患者管理APP，提供复诊和健康指导服务。
