肾结石囊肿肾萎缩可以考虑囊肿切除术、经皮肾镜取石术、体外冲击波碎石术、中药排石治疗、肾功能保护治疗等治疗措施。
1.囊肿切除术
囊肿切除术通过手术移除肾脏中的囊性结构以减轻对肾组织的压力，从而缓解肾萎缩。此方法适用于较大的肾囊肿导致的肾功能不全或持续疼痛的情况。
2.经皮肾镜取石术
经皮肾镜取石术是一种微创手术，在局部麻醉下将一根软管插入肾盂，使用激光或碎石工具去除结石。此方法适合直径大于2厘米且位置合适的肾结石患者。
3.体外冲击波碎石术
体外冲击波碎石术利用高能级冲击波后瞬间释放的能量，将结石粉碎成小颗粒以便排出。对于表浅、小于2厘米的肾结石效果显著。
4.中药排石治疗
中药排石治疗通过利水消肿、通淋止痛等功效促进结石排出。此方法适合较小的肾结石且无梗阻者。
5.肾功能保护治疗
肾功能保护治疗旨在减缓肾功能恶化，包括控制血压、血糖及使用保肾药物。该治疗适用于任何阶段的肾损害，旨在预防进一步损伤。
在处理肾结石囊肿伴随肾萎缩时，应避免剧烈运动以减少结石移动引起的并发症风险。同时，建议定期复查，监测病情变化，及时发现并处理可能出现的问题。
