一般全层角膜移植术后均可出现排斥反应，只是反应的程度轻重不同，排斥反应的轻重主要与供体角膜移植片的大小，移植片的健康情况，内皮细胞的丢失情况，移植片的处理及保存有关；与移植床有无新生血管，虹膜、睫状体等的炎症反应，虹膜、睫状体等有无病变有关，与手术状况、手术方式、手术次数、时间及部位，手术者的技术水平有关；更主要是与组织相容抗原性有关，供体与受体的组织相容抗原越接近排斥反应越小。开始时发生的排斥反应在术后1周；大约占10%；轻者持续2～3周用激素、免疫抑制剂后可消退；远期的排斥反应多发生术后的3个月到半年，所以角膜移植术后用药至少半年以上。
对于出现排斥反应药物治疗无效的可以行再次的角膜移植手术，一部分可获好的结果，一部分仍出现排斥反应。角膜排斥反应表现为无原因的充血，虹膜反应，角膜移植片灰白、混浊、水肿、有新生血管长入、内皮出现排斥线后弹力层皱褶等，如果在术后若干月或若干年手术眼发现上述症状，要及时请医生检查治疗，以保持角膜透明，恢复视力。
