衣原体是一种微生物，属于原核生物，在普通光学显微镜下很难观察到，由于它寄生于专性细胞内，在相当长的一段时间里，一直被误认为病毒。
我们已经研究清楚，它具有独特的生长和繁殖周期，在细胞中呈现出两种不同的形态：一种是已经成熟的衣原体，称为“原体”，其传染性很强，主要通过细胞外宿主易感细胞的吸附和吸收而达到感染。二是发育中的衣原体，即“始体”，它不具有传染性。衣原体靶细胞为女性宫颈及生殖道上皮层的扁平柱状上皮，以及男女的眼结膜、直肠上皮、泌尿道上皮、附睾和前列腺上皮。发病特点为传染性强，有逃避宿主防御作用的倾向。早期感染可使受感染部位引发急性炎症，不引起或只造成轻微组织损伤，因此，大多数人表现为无症状。但是再感染能迅速引起剧烈的炎症反应，引起严重的组织损伤，持续感染可引起慢性炎症和瘢痕形成，出现严重后遗症。
目前我国临床医院对衣原体的检查主要是指沙眼衣原体(ct)。从微生物分类上看，衣原体属衣原体科衣原体属，又分为三种生物型，即眼型衣原体，主要引起人眼结膜炎，角膜炎，俗称“沙眼”，严重者可致双眼失明；泌尿生殖型衣原体，主要引起包涵体结膜炎，尿道炎，前列腺炎，附睾炎，少精，弱精，死精，宫颈炎，子宫内膜炎，急慢性输卵管炎，急慢性盆腔炎，急性尿路综合征，直肠炎，以及围产期感染，与男性不育有关，女性不育，宫内死胎，早产和新生儿死亡；性病淋巴肉芽肿生物型，主要引起性病淋巴肉芽肿。说明沙眼衣原体的三种生物类型都可以对人体健康产生影响，且潜在的危害严重，是威胁人类生殖健康的重要病原体之一。
