甲氨蝶呤作为一种免疫抑制剂，被用来治疗类风湿关节炎等多种自身免疫病，使用剂量一般7.5mg到20mg每周。对于风湿免疫科医师和患者，为了避免或降低服用甲氨蝶呤带来的，在处方或服用甲氨蝶呤时应注意以下几点：
(1)开始服用的头3个月，每2周查1次血、尿常规和肝肾功能，以后每1～3月查1次;
(2)对有肝炎病史的病人，要慎用或不要长期使用，并忌酒;
(3)有巨幼红细胞贫血、口腔溃疡、轻度肝损害或有严重的末梢神经炎病人，可加用叶酸每天5毫克，每天3次;
(4)出现较严重腹泻和溃疡性口腔炎须考虑停药，以防发生出血性肠炎和致命的肠穿孔;
(5)对于甲氨蝶呤过量中毒时，可应用甲酰四氢叶酸6～12毫克肌肉注射，6小时1次，共4次，必要时进行血液透析;
(6)合用可使该药血药浓度升高的药物如保泰松、苯妥英钠、苯巴比妥、皮质醇、磺胺类、四环素、氯霉素、对氨基苯甲酸、青霉素、水杨酸盐类和丙磺舒等时，应注意下调剂量;
(7)如同时有腹水或胸水时，甲氨蝶呤剂量也不宜过大。
对于类风湿患者，如果使用甲氨蝶呤治疗无效，依旧关节肿胀疼痛，就需要改变治疗方案，针对于目前全国部分医院开展的生物制剂联合甲氨蝶呤治疗类风湿的项目，就是为改善目前使用甲氨蝶呤治果不佳的情况。
