在临床诊断时，需要根据患者的发病年龄，边界清楚、颜色相对均一的斑片，以及与雀斑和单纯性雀斑样痣进行鉴别。雀斑主要发于面部，斑点小，无大的片状损害。单纯性雀斑样痣多为单侧分布，可发生于任何年龄。
目前，限于目前医疗技术，咖啡斑在临床治果上存在显著差异，能满足以下条件的患者相对较好：
1.能够尽早治疗者。
2.患者皮损面积较小者。
3.边界较为模糊者。
4.术后防护较好者。
此外，在临床实践中发现，根据咖啡斑形态边界进行区别，有一种是边界相对模糊，呈锯齿状外观的类型，治果非常好，两次或三次治疗可完全清除;而另一种是边界清晰的，像盖章一样的类型，治疗难度更大一些。
