北京专业的男科医院是北京大学第一医院、中国人民解放军总医院、北京协和医院、北京大学第三医院、北京大学人民医院。
第一名：北京大学第一医院
北大医院创建于1915年，是我国早创办的国立医院，也是国内首批建立的临床医学院之一。北大医院前身为民国教育部批准北京医科专门学校设立附属诊察所；1946年随北京医学院与北京大学合并，由此得名“北大医院”；此后经历院系调整，2000年北京大学与北京医科大学两校再次合并，医院随之更名为“北京大学第一医院”。2008年成为中央保健基地医院。
第二名：中国人民解放军总医院（301医院）
中国人民解放军总医院(301医院)创建于1953年，是集医疗、保健、教学、科研于一体的大型现代化综合性医院。医院担负党中央、中央军委和总部首长及部分驻京部队官兵的医疗保健任务，承担各军区、军兵种转送的疑难、危重病人的诊治工作，收治全国各地的患者。医院同时又是解放军医学院，是全军唯一一所医院办学单位。
第三名：北京协和医院
北京协和医院是集医疗、教学、科研于一体的现代化综合三级甲等医院，是国家卫生健康委指定的全国疑难重症诊治指导中心，早承担干部保健和外宾医疗任务的医院之一，也是高等医学教育和住院医师规范化培训示范基地，临床医学研究和技术创新的核心基地。以学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大享誉海内外。在国家三级医院绩效考核中两次，在复旦大学医院管理研究所公布的“中国医院排行榜”中连续十二年名列。
第四名：北京大学第三医院
北京大学第三医院（简称“北医三院”）建于1958年，国家卫生健康委委管医院，集医疗、教学、科研、预防保健、康复与健康管理为一体的综合性三甲医院。目前，在岗职工6226人。截至2020年9月，医院平均开放床位数2264张。医院设有37个临床科室，10个医技科室。有34个博士点、1个临床博士后流动站。在岗博士生导师70人，中国科学院院士1人、中国工程院院士2人，科技部创新领军人才青年领军1人，国家自然科学基金杰出青年基金获得者5人、科技部“973”科学家1人、3人入选“新世纪百千万人才工程”，国家自然科学基金优秀青年科学基金获得者5人，卫生部突出贡献专家10人。
第五名：北京大学人民医院
北京大学人民医院创建于1918年，是中国人自行筹资建设和管理的第一家综合性西医医院，初命名为“北京中央医院”，中国现代医学先驱伍连德博士任首任院长。亚洲第一例异体同基因骨髓移植、支乙肝疫苗和台体外震波碎石设备诞生在这里，推动并见证者中国医学的进步。
经过一个世纪的发展，医院现已成为集医疗、教学、科研、保健为一体的现代化综合性三级甲等医院，是国家卫生健康委员会委管医院，北京大学附属医院，北京大学第二临床医学院；同时也是国家创伤医学中心、国家血液系统疾病临床医学研究中心和首批国家疑难病症诊治能力提升工程项目组长单位。
