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1、福建医科大学附属第一医院
医院于2000年成立福建医科大学第一临床医学院。拥有临床医学培训中心，是美国心脏协会（AHA）授权的心血管急救培训中心，是全国大学生校外实践教学基地，配备无线智能模拟人等一系列的教学模具，拥有骨科、神经科、耳鼻喉头颈外科、普通外科、泌尿外科和妇科等6个国家内镜与微创医师定期考核培训基地。有32个专业获批住院医师规范化培训基地；神经外科学、呼吸与危重症医学、内科危重症医学、外科危重症医学及普通外科学等5个专业获批专科医师规范化培训基地。全科医学科、内科、口腔全科、康复医学科4个专业基地获批国家“住院医师规范化培训重点专业基地”，全科医学专业基地获得全国优秀全科专业住培基地荣誉称号。学院目前拥有博士学位授予权一级学科6个,博士专业学位授予权学科2个；硕士学位授予权一级学科9个，硕士专业学位授予权学科9个；有博士研究生导师80名、硕士研究生导师261名。近五年拥有省级教学成果奖2项，省级课程8个，省级教育科研项目12个，省级教学团队3个，获首届省级高校教师创新大赛副高组一等奖。学院多次组队代表福建医科大学参加全国高等医学院校大学生临床技能竞赛，屡获佳绩，其中2016年以名佳绩荣获特等奖。制作的《临床医学技能操作教程》，由人民卫生电子音像出版社出版，纳入“十三五”国家重点音像出版规划品种。学院与近10个国家以及港台地区建立了协作关系并开展广泛的学术交流。
2、福建医科大学附属协和医院
医院开展一批在业界具有较大影响力的医疗技术。拥有的微创技术。应用于消化系统、呼吸系统、泌尿系统等恶性肿瘤治疗和神经系统的癫痫治疗等诸多外科领域。拥有高超的介入技术。介入诊疗技术门类齐全，开展心脑血管疾病及肿瘤的介入治疗等。拥有的移植技术。开展异基因造血移植治疗白血病，同种异体心脏移植（心脏移植后再次成功移植心脏、儿童心脏移植）、双肺移植、心脏移植后的肝移植、原位在体劈离式供肝获取及肝移植、肾移植、皮肤移植（‘中国式换脸’）等器官移植技术以及角膜移植等。拥有高端的放疗中心。拥有包括国有自主知识产权的重离子、硼中子，X线立体定向放射治疗系统（射波刀），螺旋断层放射治疗系统（TOMO）等于一体的高端肿瘤放疗中心。开展前沿的再生技术。以临床研究机构的建设为核心，打造我院特色的与再生医学研发中心。还开展了一批在国内有突出优势的特色技术，运用三分支支架血管技术治疗急性主动脉夹层、人工心脏植入术等。建设了一批能承载疑难危重症救治高水平的医技学科群，拥有超高端多排螺旋CT、3.0T磁共振、PET-CT、PET-MR、内窥镜手术器械控制系统（达芬奇手术机器人）、全飞秒激光和准分子屈光手术系统等在内的一大批国际医疗设备。
3、福建医科大学附属福州市第一医院
医院本部位于福建省福州市台江区达道路190号，医院占地面积4公顷，总建筑面积10.8万平方米。福州市第一医院东院（琅岐院区）位于福州市马尾区琅岐经济区，占地面积3.67公顷，总建筑面积2.2万平方米。福州市第一医院南院位于福州市城门镇站后路东侧、永南路以北，规划用地13.2公顷，规划床位1200张，一期建设500张。
4、福建省立医院
医院学科齐全、技术力量雄厚、特色专科突出、多学科综合优势强大，编制床位2500张，设有临床科室57个、医技科室11个、党委和行政职能部门29个；在岗职工3700多人，其中专业技术人员3200多人，医生约1100人、护士1700多人。年门急诊病人约200万人次、住院病人10万人次，手术例数约5万人次。
5、福州市第二医院
始建于1866年的福州市第二医院，是一所以骨科为龙头，集医疗、科研、教学、预防、康复为一体的三级甲等医院，前身为英国皇家海军、英国领事馆合办的"海港医馆"；1887年易名为"塔亭医院"；1956年3月定名为"福州市第二医院"；2012年4月成为厦门大学非直属附属医院。经过多年不懈的努力，医院在医疗技术、设备、服务、环境、人才培养、医院管理等方面均取得跨越式的发展，荣获"全国卫生系统集体"、"福建省级文明单位"等多项荣誉称号。
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