2周岁发烧39度一般是由感染、免疫系统反应等原因引起的，可采用退烧药物、物理降温、注意休息等方式进行治疗，详情如下：
1.退烧药物：适用于体温较高且持续时间较长的情况。常见的退烧药物有布洛芬和对乙酰氨基酚等，可以通过口服或根据医生建议使用。但要注意给药剂量和使用频率，避免过量使用或长时间使用。
2.物理降温：适用于急性高热、热性惊厥等情况。可以使用温水擦浴、冷敷等方式降低体温。擦浴时用适温的湿毛巾或温水沾湿全身，帮助散热。冷敷可用温水浸湿毛巾，轻轻敷在额头、腋下等较大血管丰富的部位。
3.注意休息：适用于轻度发烧、身体状况较好的情况。让孩子多休息，避免剧烈活动，保持室内清洁、通风，避免感染加重。同时保持充足的水分摄入，避免脱水。
除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如中药、中西医结合等。中药可以根据具体病情配制，但使用时应遵医嘱，注意药物的质量和剂量。中西医结合则是综合运用中西医的诊疗方法，通过中药调理和西药辅助治疗来缓解症状和提高免疫力。这些治疗方式适用于特定情况，需要在医生的指导下进行。
