5岁女孩发烧39度一般是由感染、免疫系统异常等原因引起的，可采用物理降温、药物降温和保持水分摄入等方式进行治疗，详情如下：
1.物理降温：在体温不过高的情况下，可以采用物理降温的方式来缓解发烧症状。如给孩子用温水擦拭身体，保持室内通风，穿着透气的衣物等。物理降温适用于体温不过高，且孩子身体状况较好的情况。
2.药物降温：在体温较高或孩子身体状况较差的情况下，可以采用药物降温的方式来控制发烧。常用的药物包括布洛芬等非处方退烧药物，但在使用药物前需咨询医生或药师的指导，按照孩子的年龄和体重给予适当剂量。药物降温适用于体温较高，或孩子出现不适症状如头痛、肌肉疼痛等情况。
3.保持水分摄入：发烧时，孩子身体会出现水分丢失的情况，因此需要保持足够的水分摄入来防止脱水。可以给孩子适量的温开水、果汁或清汤等饮品，及时补充水分。保持水分摄入适用于孩子出现口渴、尿量减少等脱水症状的情况。
除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如医生可能会根据具体情况决定是否使用抗生素等药物治疗，适用于细菌感染引起的发烧。同时，家长还应密切观察孩子的病情变化，如出现嗜睡、呕吐、持续高热等情况，应及时就医。
