百日咳恢复期睡着就咳嗽可能是冷空气刺激、睡眠姿势不当、室内空气干燥、过敏性咳嗽、反流性食管炎等原因引起的。如果病情严重，应及时就医，明确引起的原因，然后在医生的指导下结合个人情况通过物理、药物治疗。
1、冷空气刺激：百日咳是由百日咳杆菌引起的急性呼吸道传染病，有可能会导致呼吸道黏膜充血、水肿，在恢复期呼吸道充血、水肿还没有完全恢复，如果在睡觉时受到冷空气刺激，可能会引发咳嗽症状，可以通过加强保暖的方式改善，在晚上睡觉时要注意关闭门窗，避免受到冷空气刺激。
2、睡眠姿势不当：如果在晚上睡觉时姿势不当，导致鼻腔受到压迫，影响正常呼吸，可能会引发咳嗽，可以通过调整睡眠姿势改善，尽量保持侧卧的姿势。
3、室内空气干燥：如果在晚上睡觉时，室内的空气比较干燥，导致咽喉黏膜缺乏水分，可能会出现睡觉干咳的现象，可以喝一些温开水，并且在室内放一个空气加湿器，能够增加室内湿度，改善症状。
4、过敏性咳嗽：如果没有做好室内的清洁卫生，在晚上睡觉时吸入灰尘、尘螨等，引发过敏性咳嗽，可能会出现阵发性、刺激性干咳的现象，需要及时开窗通风，保持室内清洁卫生，并且勤更换床单被罩，如果咳嗽比较严重，可以配合医生使用氯雷他定片、盐酸西替利嗪胶囊等药物治疗，能够起到抗过敏的作用。
5、反流性食管炎：如果在患病期间暴饮暴食，在晚上睡觉之后可能会导致胃内食物反流进入食管，对咽喉黏膜产生刺激，引发咳嗽现象，并且会出现反流、胃灼热、上腹疼痛、腹胀等现象，可以按照医生指导使用多潘立酮片、奥美拉唑肠溶片等药物治疗，能够减少食物反流。平时要注意合理饮食，尽量做到一日三餐定时定量。
在治疗期间要注意做好隔离措施，并且在外出时要佩戴口罩，注意咳嗽礼仪，避免传染给他人，并且要确保充分的休息，让患者保持良好的精神状态。
