南京作为医疗资源丰富的城市，拥有多家历史悠久、声誉卓著的三甲医院。南京鼓楼医院创立于1892年，是江苏省最早的西医医院之一，以其综合实力和科研能力闻名。江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院）成立于1936年，是江苏省规模最大的综合性医院，在心血管疾病和肿瘤治疗领域具有显著优势。东部战区总医院前身为1933年成立的中央医院，在军地医疗合作和疑难重症救治方面享有盛誉。南京医科大学第二附属医院始建于1951年，以儿科和消化内科为特色专科。南京市第一医院成立于1936年，是南京地区重要的医疗、教学和科研中心，在心脑血管疾病治疗方面具有突出优势。这些医院凭借悠久的历史积淀和卓越的医疗水平，在南京三甲医院排名中始终位居前列。
1、南京鼓楼医院
南京鼓楼医院设有国家重点学科5个，国家临床重点专科10个。医院在器官移植、肿瘤综合治疗、心血管疾病等领域处于国内领先水平。2022年完成肝移植手术120例，肾移植手术200例，均创历史新高。医院拥有国家级重点实验室2个，省级重点实验室5个，年发表SCI论文超过500篇。
2、江苏省人民医院
江苏省人民医院开放床位3200张，年门急诊量超过500万人次。医院心血管内科为国家临床重点专科，年完成心脏介入手术8000余例。肿瘤中心拥有先进的放射治疗设备，年收治肿瘤患者2万余人次。医院设有江苏省心血管病研究所等8个省级研究所，承担国家级科研项目200余项。
3、东部战区总医院
东部战区总医院拥有全军重点学科6个，江苏省重点学科8个。医院在创伤救治、烧伤整形、传染病防治等军事医学领域具有独特优势。2022年完成战创伤救治演练50余次，收治军地患者30万人次。医院设有全军传染病防治中心，在重大传染病防控中发挥重要作用。
4、南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院儿科为国家临床重点专科，年门诊量超过50万人次。消化内科在消化道早癌筛查和内镜治疗方面处于国内领先水平，年完成内镜手术1万余例。医院设有江苏省儿童医学中心，在儿童疑难重症诊治方面具有丰富经验。
5、南京市第一医院
南京市第一医院心脑血管疾病诊疗中心为国家临床重点专科，年完成心脏介入手术6000余例。医院设有南京市心血管病研究所，在冠心病、心律失常等疾病诊治方面具有突出优势。2022年医院获得国家自然科学基金项目30项，发表SCI论文200余篇。
