南京治疗肝癌的医院主要集中在具备肝胆疾病诊疗优势的三甲医院，覆盖手术、介入、放疗、靶向治疗等多种治疗手段。以下医院在肝癌综合诊疗领域具有较高认可度：江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、江苏省肿瘤医院、南京市第二医院、南京市第一医院、南京医科大学第二附属医院、东南大学附属中大医院、江苏省中西医结合医院、南京市中医院。其中，江苏省人民医院肝癌诊疗中心年手术量居省内前列，南京鼓楼医院介入科开展载药微球栓塞等技术，东部战区总医院肝胆外科在复杂肝癌切除方面经验丰富。
江苏省人民医院
江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院）肝胆中心是国家临床重点专科，拥有独立的肝癌多学科联合诊疗（MDT）中心。该院配备达芬奇手术机器人、256排螺旋CT及3.0T磁共振等设备，常规开展解剖性肝切除、ALPPS分阶段肝切除等复杂术式。在微创治疗领域，每年完成腹腔镜肝癌手术200余例，联合术中超声导航系统提升病灶定位精度。针对中晚期患者，该院介入科开展放射性粒子植入、微波消融等局部治疗，药物临床试验中心参与多项国际多中心肝癌靶向药物研究。
南京鼓楼医院
南京鼓楼医院肝胆外科为江苏省肝胆疾病临床医学中心，配备独立介入手术室与三维适形放疗系统。其特色在于建立肝癌全程管理体系，从早期筛查到晚期姑息治疗形成规范流程。介入治疗方面，除常规TACE（肝动脉化疗栓塞）外，采用载药微球栓塞技术提升局部药物浓度，联合射频消融实现"双介入"治疗模式。该院与病理科合作开展循环肿瘤DNA检测，用于术后复发监测。针对肝癌合并门静脉癌栓病例，创新应用经颈静脉肝内门体分流术（TIPS）改善肝功能储备。
东部战区总医院
东部战区总医院普通外科研究所下设肝胆病治疗中心，拥有全军重点实验室支撑临床转化研究。该中心在肝切除领域处于地位，运用三维可视化技术重建肝脏脉管系统，术前规划切除范围误差控制在5mm以内。针对肝癌合并肝硬化患者，开展改良前入路肝切除技术降低术中出血风险。在辅助治疗方面，配置射波刀立体定向放疗系统，对术后残留病灶实施高精度放射治疗。其病理科开展肝癌分子分型检测，为个体化用药提供依据。
江苏省肿瘤医院
江苏省肿瘤医院肝胆胰外科专注肝癌综合治疗，配备容积旋转调强放疗（VMAT）设备和TOMO螺旋断层放疗系统。该院建立肝癌放射治疗数据库，对放疗剂量分割方案进行个性化设计，尤其针对肝门区肿瘤制定保护胆管方案。在药物治疗领域，设有日间化疗病房，开展HAIC（肝动脉灌注化疗）联合系统治疗的中晚期肝癌转化研究。其特色在于肝癌骨转移的多学科处理，联合骨科实施骨水泥成形术缓解疼痛，配合锶-89核素治疗控制骨转移进展。
南京市第二医院
南京市第二医院（江苏省传染病医院）肝胆外科在肝炎相关肝癌治疗领域具有独特优势。针对乙肝、丙肝等病毒性肝炎导致的肝癌，建立抗病毒治疗与肿瘤治疗同步管理体系。该院配置人工肝支持系统，为肝功能ChildC级患者创造手术机会。在免疫治疗方面，开展PD-1抑制剂联合靶向药物的临床研究，建立免疫相关不良反应（irAE）处理规范。其特色在于肝癌切除术后抗复发治疗，通过干扰素雾化吸入降低病毒载量，联合胸腺肽α1调节免疫功能。
