南京治疗性功能障碍排名靠前的医院有南京鼓楼医院、江苏省人民医院、东南大学附属中大医院、南京市第一医院、南京军区总医院、南京医科大学第二附属医院、江苏省中医院、南京市中医院、南京明基医院、南京市妇幼保健院。这些医院在泌尿外科或男科领域具备较强的诊疗实力，部分医院设有独立的男科中心，能够为患者提供规范的检查和个性化治疗方案。
1.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院是江苏省首批三级甲等综合性医院，泌尿外科为国家临床重点专科。
医院实力：拥有尿动力学检测仪、阴茎血流多普勒等专业设备，开展阴茎假体植入等复杂手术。
科室擅长：在器质性勃起功能障碍的微创治疗和心因性功能障碍的综合干预方面经验丰富。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院（南京医科大学第一附属医院）泌尿外科连续多年位居华东地区专科声誉前列。
医院实力：配备国际标准的男科实验室，可进行夜间勃起监测等评估。
科研方向：参与多项国际多中心药物临床试验，在早泄行为研究领域有突出成果。
3.东南大学附属中大医院
该院泌尿外科是江苏省"科教强卫"工程重点学科，年手术量超3000台。
科室特色：建立"生理-心理-社会"三维诊疗模式，开设男性性功能康复门诊。
技术优势：省内较早开展低强度冲击波治疗血管性ED技术，超过75%。
4.南京市第一医院
三级甲等综合医院，泌尿外科为南京市医学重点学科。
诊疗体系：实行分级诊疗制度，对复杂病例组织多学科会诊。
设备支撑：引进Rigiscan硬度检测系统等进口设备，实现病因鉴别。
5.南京军区总医院
全军泌尿外科研究所所在地，开展军人性功能障碍防治专项研究。
技术特色：应用腹腔镜技术治疗内分泌性功能障碍，创伤小恢复快。
学术成果：主编《男性性功能障碍诊疗规范》等行业指南。
南京地区三甲医院普遍建立了规范的性功能障碍诊疗流程，其中鼓楼医院、省人民医院在硬件设施和科研水平方面较为突出，基层医院患者可优先选择这些医院的男科专病门诊。就诊时建议携带既往检查资料，部分医院提供网络预约和夜间门诊服务。
