南京治疗肾结石比较好的专科医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、南京市第一医院、南京医科大学第二附属医院等。这些医院在肾结石诊疗领域具备丰富的临床经验和的医疗设备，能够为患者提供个性化治疗方案。
江苏省人民医院泌尿外科是重点学科，配备钬激光碎石系统等设备。南京鼓楼医院结石病诊疗中心年手术量超过2000例，微创手术占比达95%。东部战区总医院拥有独立的结石成分分析实验室，为预防复发提供科学依据。
1.江苏省人民医院
江苏省人民医院泌尿外科是国家临床重点专科，设有专门的结石病诊疗中心。该科室拥有第三代超声定位体外冲击波碎石机、输尿管软镜钬激光系统等全套结石治疗设备，可开展经皮肾镜、输尿管镜等所有微创术式。医院建立了结石成分分析平台，能针对不同成分结石提供个性化预防方案。年完成各类结石手术1500余例，复杂结石处理成功率达98%以上，术后并发症发生率低于行业平均水平。
2.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院泌尿外科结石病区是华东地区规模大的结石诊疗中心之一。科室配备双导管碎石清石系统、超细经皮肾镜等设备，独创"三步定位法"提高穿刺度。开展24小时急诊碎石服务，建立从门诊筛查、微创治疗到代谢评估的全流程管理体系。特别在感染性结石和儿童结石治疗方面具有技术优势，年开展输尿管软镜手术800余例，其中复杂肾结石病例占比35%，清石率保持在国内水平。
3.东部战区总医院
东部战区总医院泌尿外科组建了多学科结石诊疗团队，拥有独立的结石代谢评估中心。引进德国新一代混合动力碎石平台，可同时进行超声和激光碎石。在鹿角形结石、孤立肾结石等高难度手术方面经验丰富，创新应用"穹窿穿刺"技术处理特殊解剖位置结石。医院建立结石标本库，开展病因学研究，为患者提供复发预防指导。微创手术占比达90%以上，平均住院时间较传统手术缩短60%。
4.南京市第一医院
南京市第一医院泌尿外科是南京市级重点专科，结石亚专业组配备全套德国STORZ内镜系统。开展超声引导下穿刺技术，在肥胖患者和特殊体位结石处理方面具有特色。医院推行日间手术模式，对符合指征的患者实现24小时内完成入院、手术和出院。建立结石患者随访管理系统，提供饮食指导和药物预防方案，五年复发率控制在15%以下。年完成各类微创碎石手术1200余例，其中经皮肾镜手术占比40%。
5.南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院泌尿外科设有结石微创治疗中心，拥有国内的一站式结石诊疗平台。引进瑞士EMS碎石清石系统，实现碎石与取石同步完成。在输尿管狭窄合并结石、肾盂输尿管连接部结石等复杂病例处理方面经验丰富。开展三维CT重建辅助手术规划，提术性。建立结石成分快速检测体系，2小时内可出具分析报告。年手术量超过1000例，其中日间手术占比达50%，患者满意度连续五年保持95%以上。
南京地区上述医院均具备成熟的肾结石诊疗体系，患者可根据结石类型、病情复杂程度及个人需求选择。建议优先考虑具有独立结石诊疗中心的医院，这类机构通常配备更专业的设备和更系统的随访管理。对于特殊类型结石或合并其他疾病的患者，选择综合性三甲医院可获得多学科协作支持。
