南京治疗灰指甲比较好的医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、南京市第一医院、东南大学附属中大医院、南京军区总医院等。其中，江苏省人民医院皮肤科在真菌感染诊疗方面经验丰富，拥有的实验室检测设备；南京鼓楼医院皮肤科年接诊量大，对顽固性灰指甲治疗有独特方案；南京市第一医院皮肤科采用中西医结合，复发率控制效果显著。
1、江苏省人民医院
江苏省人民医院皮肤科是江苏省临床重点专科，设有真菌实验室可进行病原学检测。针对灰指甲治疗配备308nm准分子激光、艾拉光动力等设备，对耐药性甲真菌病采用口服药物联合局部清创的综合。该科室参与制定中国甲真菌病诊疗指南，每年开展甲病专病门诊超5000例，重症患者率达85%以上。特别对糖尿病合并灰指甲患者建立多学科联合诊疗流程，有效降低并发症风险。
2、南京鼓楼医院
南京鼓楼医院皮肤性病科为国家重点学科建设项目，开展灰指甲的分子生物学检测技术。采用光学显微镜结合真菌培养双重确认诊断，治疗上创新应用激光联合特比萘芬搽剂序贯。科室拥有江苏省甲病治疗中心，引进德国Waldmann紫外线治疗仪，对厚甲型灰指甲实施分层磨削治疗。近年开展甲板载药系统临床研究，使药物渗透率提升40%，门诊数据显示6个月疗程患者满意度达92%。
3、南京市第一医院
南京市第一医院皮肤科采用真菌荧光检测技术，20分钟可出初步报告。治疗方面独创"清-敷-封"三步：先通过超声清创去除病甲，再敷贴含环吡酮胺的透甲贴剂，后用医用密封膜包裹增强药效。科室配备全套德国进口甲病治疗器械，对全甲毁损型病例开展甲床成形术。统计显示该方案使治疗周期缩短至3-4个月，配合研发的中药浸泡方剂，半年复发率控制在8%以下。
4、东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院皮肤科开展灰指甲的共显微镜检查，能直观显示菌丝侵入深度。治疗采用个体化方案设计，对轻型患者使用阿莫罗芬搽剂联合尿素软膏封包，重型患者实施脉冲式口服给药。科室参与研发的新型透甲剂已获国家专利，能使抗真菌药物穿透性提高3倍，临床数据显示12周较传统方法提升28%。
5、南京军区总医院
南京军区总医院皮肤科引进意大利高频超声甲检测系统，可量化评估甲板损害程度。建立灰指甲分级治疗体系：Ⅰ级采用激光治疗，Ⅱ级应用光动力，Ⅲ级以上实施药物联合机械清甲。科室配备全军甲病远程会诊平台，对特殊菌株感染病例可进行全军专家联合会诊。统计表明该体系治疗突破90%，尤其对部队官兵常见的创伤后继发灰指甲有独特治疗方案。
