南京治疗肾结石比较好的医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、南京市第一医院、南京医科大学第二附属医院等。其中江苏省人民医院泌尿外科设备，拥有多套体外冲击波碎石系统；南京鼓楼医院结石专科年手术量超2000例，配备全套微创手术设备；东部战区总医院采用多学科联合诊疗模式，对复杂肾结石病例具有丰富经验。
1.江苏省人民医院
江苏省人民医院泌尿外科是重点专科，肾结石诊疗水平处于国内地位。科室配备德国多尼尔体外冲击波碎石机、瑞士EMS超声气压弹道碎石机等设备，可开展经皮肾镜碎石术、输尿管软镜碎石术等微创手术。医院设有结石成分分析实验室，能为患者提供个性化防治方案。年完成各类结石手术1500余例，复杂结石处理成功率达95%以上。
2.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院泌尿外科为江苏省临床重点专科，拥有独立的结石病诊疗中心。中心引进了新一代钬激光碎石系统，可开展超微通道经皮肾镜手术，创伤更小恢复更快。针对不同大小的结石，制定阶梯化治疗方案，从药物排石到微创手术形成完整治疗体系。医院还开发了结石预防随访系统，通过定期复查降低复发率。
3.东部战区总医院
东部战区总医院泌尿外科在复杂肾结石诊治方面特色显著，尤其擅长处理合并感染的鹿角形结石。科室采用3D打印技术辅助手术规划，结合超声定位系统提高穿刺度。拥有独立的结石代谢评估中心，可开展24小时尿液成分检测等特色项目。近年来开展的双镜联合手术，使大体积结石的清除率提升至90%以上。
4.南京市第一医院
南京市第一医院泌尿外科配备全套德国狼牌内窥镜系统，常规开展输尿管镜碎石取石术。针对不同部位结石采用个性化入路方案，建立快速康复流程，平均住院时间控制在3天以内。医院结石专科门诊提供一站式服务，从诊断到治疗全程跟踪管理。特别在儿童肾结石诊治方面积累丰富经验。
5.南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院泌尿外科设有独立的结石病区，拥有数字化体外碎石中心。采用超声联合X光双定位系统，显著提高碎石度。开展日间手术模式，对小于2cm的肾结石实现24小时内完成治疗。医院注重结石预防教育，建立患者健康档案进行长期随访管理。
