南京治疗甲状腺疾病比较好的医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、南京市第一医院、南京医科大学第二附属医院等。其中江苏省人民医院作为全省综合实力强的三甲医院，其内分泌科在甲状腺疾病诊疗方面具有显著优势；南京鼓楼医院内分泌代谢病科拥有完善的甲状腺疾病诊疗体系；东部战区总医院在甲状腺肿瘤的微创治疗领域具有丰富经验。
1.江苏省人民医院
江苏省人民医院内分泌科是国家临床重点专科建设单位，设有独立的甲状腺疾病专病门诊。医院配备甲状腺功能检测仪、高频超声等设备，可开展甲状腺细针穿刺活检、放射性碘治疗等特色技术。在Graves病、桥本甲状腺炎等自身免疫性甲状腺疾病的诊疗方面形成特色，年甲状腺手术量超过500例。医院建立了多学科协作机制，为复杂甲状腺疾病患者提供个性化治疗方案。
2.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院内分泌科是江苏省重点学科，甲状腺疾病亚专科开展甲状腺功能亢进、甲状腺结节、甲状腺癌等疾病的规范化诊疗。医院引进甲状腺射频消融系统，开展微创介入治疗。拥有全自动化学发光免疫分析仪等检测设备，甲状腺抗体检测准确率达国内水平。建立了甲状腺疾病全程管理体系，从筛查、诊断到长期随访形成完整闭环。每年完成甲状腺超声检查2万余例，穿刺活检准确率超过95%。
3.东部战区总医院
东部战区总医院普外科在甲状腺肿瘤诊治方面具有优势，开展腔镜下甲状腺切除术、纳米碳甲状旁腺负显影等特色技术。医院拥有3.0T磁共振、PET-CT等高端影像设备，可评估甲状腺肿瘤分期。建立甲状腺癌多学科诊疗中心，制定个体化手术方案。年完成甲状腺手术800余例，其中甲状腺癌手术占比达40%，术后并发症发生率低于3%。在巨大甲状腺肿、胸骨后甲状腺肿等疑难病例处理方面经验丰富。
4.南京市第一医院
南京市第一医院内分泌科是南京市医学重点学科，甲状腺疾病诊疗团队由资深专家组成。医院开展甲状腺激素全套检测、甲状腺球蛋白测定等特色项目，配备超声弹性成像系统提高结节良恶性鉴别能力。建立甲状腺疾病专病数据库，实现病例信息化管理。在妊娠期甲状腺疾病、儿童甲状腺功能异常等特殊人群诊疗方面形成特色。每年开展甲状腺细针穿刺1000余例，病理诊断符合率达90%以上。
5.南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院内分泌科设有甲状腺疾病诊疗中心，拥有全套甲状腺功能检测平台。医院开展甲状腺结节微波消融术、经口腔前庭入路腔镜手术等微创技术。配备高清超声设备实现甲状腺结节定位，建立甲状腺癌风险评估体系。在甲状腺功能减退的替代治疗、甲状腺相关眼病的综合处理方面具有丰富临床经验。开展甲状腺疾病健康教育活动，年接诊甲状腺疾病患者超过1万人次。
