南京治疗甲亢比较好的医院有江苏省人民医院、南京鼓楼医院、东部战区总医院、南京市第一医院、江苏省中医院等。其中江苏省人民医院内分泌科在甲状腺疾病诊疗方面经验丰富，配备检测设备；南京鼓楼医院甲状腺专科年门诊量超万人次，开展甲状腺细针穿刺等技术；东部战区总医院采用多学科协作模式，对难治性甲亢有独特治疗方案。
1.江苏省人民医院
江苏省人民医院内分泌代谢病科是国家临床重点专科，甲亢诊疗水平处于省内地位。科室拥有甲状腺功能检测仪、甲状腺超声等全套设备，能够开展TRAb检测、甲状腺摄碘率测定等特色项目。针对不同病程阶段的甲亢患者，科室制定个体化治疗方案，包括药物保守治疗、放射性碘治疗及术前评估等全流程管理。医院还开设甲状腺专病门诊，为患者提准诊疗服务。
2.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院内分泌科设有独立的甲状腺疾病诊疗中心，年接诊甲亢患者超过5000例。科室引进国际标准的甲状腺功能检测系统，开展甲状腺激素受体抗体检测等前沿项目。在治疗方面，除常规抗甲状腺药物外，还开展超声引导下甲状腺结节细针穿刺技术，为甲亢合并结节患者提供病理诊断。医院采用药物浓度监测手段，有效控制药物性甲减等并发症。
3.东部战区总医院
东部战区总医院内分泌科建立甲亢多学科诊疗团队，联合核医学科、超声科等开展综合治疗。科室拥有双能X线骨密度仪等设备，可评估甲亢导致的骨质疏松情况。针对妊娠期甲亢、甲亢危象等特殊病例，制定标准化抢救流程。医院放射性碘治疗中心配备专用隔离病房，年完成碘131治疗200余例，建立完整的辐射防护和随访体系。
4.南京市第一医院
南京市第一医院内分泌科开展甲状腺功能七项检测等全套实验室检查，采用化学发光法保证检测准确性。科室建立甲亢患者长期随访档案系统，通过定期复查甲状腺功能调整用药方案。对于需要手术治疗的甲亢患者，医院普外科开展腔镜下甲状腺切除术，具有创伤小、恢复快的优势。
5.江苏省中医院
江苏省中医院内分泌科采用中西医结合方式治疗甲亢，开发具有调节免疫功能的院内制剂。科室运用甲状腺超声弹性成像技术评估甲状腺质地变化，结合中医辨证分型制定个性化方案。针对抗甲状腺药物导致的肝功能异常等，配合中药调理取得良好效果。医院还开展耳穴压豆等中医外治法辅助改善甲亢症状。
