南京治疗小儿脑瘫比较好的医院有南京儿童医院、江苏省人民医院、南京脑科医院、东南大学附属中大医院、南京市妇幼保健院。其中南京儿童医院在小儿神经系统疾病诊疗方面经验丰富，拥有完善的康复训练体系；江苏省人民医院康复医学科设备，开展多学科联合诊疗模式；南京脑科医院在脑瘫早期干预和神经修复治疗领域具有特色技术。
1.南京儿童医院
南京儿童医院神经内科是江苏省临床重点专科，设有专门的小儿脑瘫康复中心。医院配备GMFM评估系统、三维步态分析仪等设备，采用运动、作业、言语治疗等综合康复手段。特色项目包括肉毒素注射治疗痉挛型脑瘫、选择性脊神经后根切断术等外科干预，年收治脑瘫患儿超800例。医院与特殊教育机构合作开展早期教育干预，建立从诊断到康复的全流程管理体系。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院康复医学科是国家重点专科，设有儿童康复病区。医院引进德国康复机器人、经颅磁刺激仪等设备，开展悬吊训练系统、水疗等特色。创新性采用ICF框架下的个体化康复方案，针对不同分型脑瘫制定差异化治疗策略。医院建立的"医院-社区-家庭"三级康复网络，通过远程指导实现居家康复训练，其开展的引导式教育获得江苏省新技术引进奖。
3.南京脑科医院
南京脑科医院儿童神经康复中心专注脑瘫的神经调控治疗，拥有江苏省儿童经颅磁刺激治疗室。医院开展移植、高压氧等前沿治疗，结合传统针灸推拿形成中西医结合康复体系。特色技术包括FSPR手术（功能性选择性脊神经后根离断术）和颈动脉外膜剥脱术，针对痉挛型脑瘫显著。医院建立的早期筛查系统可对6个月内高危儿进行运动发育评估，实现超早期干预。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院康复科开展基于大数据分析的脑瘫康复，建立江苏省儿童康复数据库。医院配备意大利平衡训练系统、虚拟现实康复设备，创新应用机器人辅助步态训练。重点发展肉毒杆菌毒素注射结合矫形支具的痉挛管理方案，其研发的智能踝足矫形器获得国家实用新型专利。医院定期举办家长康复技能培训班，建立长期随访机制。
5.南京市妇幼保健院
南京市妇幼保健院儿童康复科侧重脑瘫的早期识别和干预，开展新生儿20项神经行为评估。医院拥有全套Peabody运动发育评估工具，采用Vojta、Bobath技术等国际主流康复方法。特色项目包括高危儿随访门诊和母婴同室康复训练，针对早产儿、低体重儿等高风险群体建立预防性康复方案。医院儿童保健科与康复科联动，实现发育监测与康复治疗无缝衔接。
