南京牙齿矫正比较好的医院有江苏省口腔医院、南京市口腔医院、南京医科大学附属口腔医院、东部战区总医院口腔科、南京鼓楼医院口腔科等。这些医院在牙齿矫正领域拥有丰富的临床经验和的技术设备，能够为患者提供专业的正畸治疗服务。
江苏省口腔医院是华东地区规模大的口腔专科医院之一，拥有数字化正畸中心和多种矫治技术。南京市口腔医院作为三级甲等口腔专科医院，其正畸科年接诊量位居全省前列。南京医科大学附属口腔医院依托高校科研优势，在隐形矫正和儿童早期矫治方面特色突出。
江苏省口腔医院正畸科是江苏省临床重点专科，拥有30余台专用牙椅和独立的儿童正畸中心。医院引进了iTero口扫仪、3D打印矫治器等设备，可开展传统托槽矫正、隐形矫正、舌侧矫正等多种矫治技术。科室特别在复杂错颌畸形矫治方面经验丰富，每年完成各类正畸病例2000余例。医院采用数字化正畸系统，能够实现诊断和个性化治疗方案设计。
南京市口腔医院正畸科创建于1958年，是南京市医学重点学科。科室配备有全套德国进口的矫治系统，可开展自锁托槽矫正、隐形矫正等主流技术。医院在青少年功能性矫治和成人正畸方面具有明显优势，建立了完善的正畸-修复联合治疗体系。科室还设有专门的隐形矫正中心，采用国际的隐适美和时代天使矫治系统，满足不同患者的审美需求。
南京医科大学附属口腔医院正畸科是江苏省重点学科，拥有多位正畸学专业博士。科室在儿童早期干预矫治、骨性错颌畸形矫治等方面技术，特别在隐形矫正领域积累了丰富经验。医院采用数字化正畸诊疗流程，从初诊检查到方案设计全部实现计算机辅助。科室还开展正畸-种植联合治疗，为缺失牙患者提供完善的口腔功能重建方案。
东部战区总医院口腔科正畸专业组设备，技术力量雄厚。科室配备有意大利进口的全景机、头影测量系统等专业设备，可开展各类复杂错颌畸形的矫治。医院在成人骨性错颌的正畸-正颌联合治疗方面经验丰富，与颌面外科建立了多学科协作机制。科室还特别注重矫治后的保持和随访，确保治果长期稳定。
南京鼓楼医院口腔科正畸组是南京市较早开展现代正畸治疗的科室之一。科室拥有多种国际知名品牌的矫治系统，在自锁托槽矫正和隐形矫正方面技术成熟。医院特别关注正畸治疗中的牙周健康管理，建立了完善的口腔卫生维护体系。针对不同年龄段的患者，科室制定了差异化的矫治方案，确保治果大化。
