重庆治疗自闭症比较好的医院有重庆医科大学附属儿童医院、重庆市精神卫生中心、重庆三峡中心医院、重庆市第九人民医院、重庆医科大学附属第一医院。这些医院在自闭症诊断、康复训练和综合治疗方面具有丰富经验，能够为患者提供专业医疗服务。
重庆医科大学附属儿童医院在儿童发育行为疾病诊疗领域处于地位，拥有完善的评估体系和康复设施。重庆市精神卫生中心设有专门的儿童青少年心理科，针对自闭症谱系障碍开展系统干预。重庆三峡中心医院儿童康复科在渝东北地区具有较高影响力，采用多学科协作模式服务患者。
1.重庆医科大学附属儿童医院
该院儿童保健科和发育行为儿科是重点专科，配备Gesell发育量表、ABC量表等专业评估工具。医院开展结构化教学、应用行为分析等国际主流康复技术，设有感觉统合训练室和语言治疗室。特色项目包括早期丹佛模式干预和社交技能团体训练，每年接诊自闭症患儿超过2000例，建立了个体化康复档案管理系统。
2.重庆市精神卫生中心
医院儿童心理科拥有西南地区规模大的自闭症诊断干预中心，引进ADOS-2黄金标准评估系统。开展地板时光、人际关系发展干预等特色项目，配套家长培训课程和家庭指导服务。近年参与多项科研课题，开发了适合中国儿童的文化适应性训练方案，门诊量常年保持30%的年增长率。
3.重庆三峡中心医院
医院儿童康复科配备经颅磁刺激仪、多参数生物反馈仪等设备，形成评估-训练-随访全流程服务体系。创新开展音乐治疗、动物辅助治疗等特色项目，建立渝东北地区自闭症家长互助联盟。科室与特殊教育机构合作构建医教结合模式，近三年康复达78.6%，获评重庆市残疾康复示范基地。
4.重庆市第九人民医院
儿科康复中心采用SCERTS模式综合干预，配备虚拟现实训练系统和智能评估机器人。开展基于ICF框架的功能评估，建立从3岁至青春期的连续性康复计划。医院设有重庆市自闭症儿童艺术疗愈工作室，定期举办社会适应能力实践活动，近年承担市级继续教育项目5项。
5.重庆医科大学附属第一医院
心理卫生中心开设自闭症专病门诊，整合神经调控技术和认知行为干预。引进欧洲自闭症监测网络标准流程，开展肠道菌群调节等前沿研究。医院配备眼动追踪仪等精密设备，建立症状-基因-环境多维度分析模型，参与制定中国自闭症早期筛查专家共识。
