南京治疗自闭症比较好的医院有南京脑科医院、江苏省人民医院、南京儿童医院、东南大学附属中大医院、南京市妇幼保健院。这些医院在自闭症诊断、康复训练和综合治疗方面积累了丰富经验，能够为患者提供专业医疗服务。
1.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是国内较早开展自闭症诊疗的专科机构，设有专门的自闭症评估与干预门诊。医院配备标准化评估工具，采用结构化教育、行为分析等国际认可干预方法，形成医教结合的多学科诊疗模式。针对不同年龄阶段患者特点，开展个性化康复训练课程，定期组织家长培训指导家庭干预技巧。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院康复医学科设有儿童发育行为专科，开展自闭症谱系障碍的早期筛查与系统评估。医院引进国际的感觉统合训练设备，结合言语治疗、社交技能训练等综合干预手段。建立从诊断评估到长期随访的全程管理模式，注重提升患儿生活自理能力和社会适应能力，配套完善的家长支持体系。
3.南京儿童医院
南京儿童医院儿童保健科开设自闭症专病门诊，拥有专业的发育行为评估团队。医院采用标准化诊断流程，结合影像学、遗传学等辅助检查手段提高诊断准确性。康复训练涵盖认知训练、社交互动训练等多个维度，针对学龄期患儿提供入学适应指导，定期开展多学科联合会诊解决复杂病例的诊疗难题。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科神经发育障碍专科开展自闭症的早期识别与干预，建立评估-训练-随访的闭环管理体系。医院配备虚拟现实训练系统等现代化康复设备，开发适合不同发育水平的阶梯式训练课程，注重患儿核心症状改善与潜能开发同步推进。
5.南京市妇幼保健院
南京市妇幼保健院儿童心理行为科重点关注婴幼儿期自闭症早期筛查，开展18-36个月幼儿发育筛查项目。医院建立转诊绿色通道，对疑似病例进行快速评估确诊，提供以家庭为中心的基础干预方案。开设家长学校系统培训家庭干预技能，定期组织亲子互动活动促进社交能力发展。
