南京检查小儿抽动症比较好的医院有南京脑科医院、南京儿童医院、江苏省人民医院、东南大学附属中大医院、南京市第一医院。这些医院在小儿神经系统疾病诊疗领域具备专业设备和技术实力，其中南京脑科医院儿童心理卫生研究中心在全国享有声誉，南京儿童医院神经内科年接诊量居省内前列，江苏省人民医院儿科设有专项发育行为门诊。
1.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是华东地区较早开展抽动症诊疗的专科机构，配备儿童行为观察室、脑电图监测仪等专业设备。医院采用多学科协作模式，结合行为评估量表与神经电生理检查，对抽动症进行分型。特色诊疗项目包括儿童行为干预训练和生物反馈治疗，针对复杂病例可开展药物浓度监测和基因检测服务。该中心每年接诊抽动症患儿超2000例，建立了个体化阶梯治疗方案数据库。
2.南京儿童医院
南京儿童医院神经内科设有专门的抽动障碍亚专科，拥有视频脑电图监测系统、经颅磁刺激仪等设备。临床采用耶鲁综合抽动严重程度量表进行评估，开展脑功能影像学检查排除器质性病变。医院特色在于将行为与物理治疗相结合，针对共患多动症或强迫症的患儿提供综合干预方案。门诊实行分级诊疗制度，对中重度病例开放绿色通道，年开展抽动症相关检查逾1500例次。
3.江苏省人民医院
江苏省人民医院儿科发育行为门诊将抽动症纳入重点病种管理，配备儿童专用经颅多普勒和事件相关电位检测系统。诊疗流程包含详细的家族史采集、共病筛查和营养评估，针对不同年龄阶段制定差异化的干预策略。医院创新性地将虚拟现实技术应用于行为矫正训练，并建立家长教育课堂。作为教学医院，其临床数据纳入江苏省儿童神经发育障碍诊疗规范制定依据。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科神经专科开展抽动症的标准化诊疗路径，拥有64导联脑电监测设备和儿童认知评估系统。临床注重抽动症状的病程记录和诱发因素分析，提供从诊断到长期随访的全周期管理。医院参与多项全国多中心研究，在难治性抽动症的综合治疗方面积累丰富经验。
5.南京市第一医院
南京市第一医院儿科设立儿童神经行为发育门诊，采用国际通用的抽动症诊断标准，结合视频录像分析进行症状评估。医院特色在于建立学校-家庭-医院三方协作机制，对患儿进行生态环境干预。配备儿童专用经颅磁刺激治疗仪，针对药物治果不佳的病例提供补充治疗方案。
