南京治疗自闭症比较好的医院有南京脑科医院、江苏省人民医院、南京儿童医院、东南大学附属中大医院、南京市妇幼保健院。这些医院在自闭症诊断、康复训练及综合干预方面具有丰富经验，配备专业评估工具和个性化治疗方案。以下重点介绍排名前三的医疗机构。
1.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是江苏省自闭症诊疗核心机构，拥有多学科联合诊疗模式。医院采用ADOS-2等国际标准评估工具，开设结构化教育、行为分析等干预课程，年接诊自闭症患儿超2000例。其特色在于将医学康复与家庭指导结合，开发了本土化社交沟通训练体系，并为大龄患儿提供职业转衔服务。医院定期开展家长课堂，帮助家庭掌握居家干预技巧。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院儿童保健科设有自闭症专病门诊，配备Gesell发育量表和ABC行为量表等评估系统。医院创新性地将感统训练与音乐结合，针对不同发育阶段设计阶梯式干预方案。特别在共患癫痫或胃肠问题的自闭症患儿诊疗方面经验突出，拥有营养代谢检测和脑电图同步监测技术。医院与社区康复机构建立双向转诊机制，形成连续性康复管理网络。
3.南京儿童医院
南京儿童医院发育行为科开展自闭症早期筛查项目，针对18-36月龄幼儿提供快速评估通道。医院引进VR社交情景模拟系统，通过沉浸式训练提升患儿社会适应性。建立从诊断到学龄期随访的全周期管理档案，联合特教老师制定个性化教育计划。在语言障碍干预方面，医院采用图片交换沟通系统与口肌训练相结合的模式，显著改善非语言患儿的表达能力。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿童发育行为中心自闭症谱系障碍的神经机制研究，将科研成果转化为临床干预技术。医院配备眼动追踪仪和近红外脑功能成像设备，为疑难病例提准诊断。开发基于人工智能的注意力训练程序，结合传统行为矫正方法，有效改善患儿核心症状。针对高功能自闭症患者，医院开设学业能力提升课程，解决其特殊教育需求。
5.南京市妇幼保健院
南京市妇幼保健院儿童发育行为门诊重点开展自闭症早期识别，通过M-CHAT量表对婴幼儿进行发育监测。医院设有亲子互动治疗室，指导家长通过游戏介入促进儿童社交反应。创新性地将地板时光与感觉统合训练结合，针对不同敏感类型患儿调整环境刺激强度。建立妇幼保健网络与特教机构协作平台，实现筛查-诊断-干预无缝衔接。
