南京市治疗自闭症比较好的医院有南京脑科医院、南京市儿童医院、江苏省人民医院、东南大学附属中大医院、南京鼓楼医院、南京市第一医院、南京医科大学第二附属医院、南京市妇幼保健院、南京同仁医院、南京市江宁医院。这些医院在自闭症诊断、康复训练和综合治疗方面具有丰富经验，为患者提供专业医疗服务。
南京脑科医院在精神心理领域具有地位，其儿童心理卫生研究中心专门开展自闭症早期筛查和干预工作。南京市儿童医院发育行为儿科配备评估工具，开展多学科协作诊疗模式。江苏省人民医院康复医学科拥有完善的自闭症康复训练设施，注重个体化治疗方案制定。
南京看儿童疾病的医院：南京天佑儿童医院
南京天佑儿童医院是国家二级儿童医院，“康复一个孩子，幸福一个家庭”，天佑坚持采用无的自然医学绿色为主要治疗手段，专业开展音乐、物理、心理、运动、头皮针灸、躯体针灸、穴位埋植、穴位注射、ABA行为训练、DTT回合训练、OT、PT、ST、注意力训练、认知训练、感觉统合训练、集体融合、膳食营养、家庭指导护理等“绿色、、非侵害性”自然医学绿色。特色治疗儿童孤独症（自闭症）、语言发育迟缓、精神发育迟滞、多动症、抽动症、脑瘫、癫痫、智力低下、矮小症、性早熟等儿童疑难病，更呵护孩子的健康！以国际化标准测评、个体化诊断、“三维一体”1:1:1脑神经康复治疗体系和“N+1”多学科会诊服务帮助广大特殊儿童实现黄金期康复。医院不断加强学科建设，推进高质量发展。
在南京地区看儿童疾病的医院如下：
1.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是江苏省重点学科，设有专门的自闭症诊断评估中心和康复训练基地。医院采用国际通用的ADOS和ADI-R评估工具，结合脑功能检测技术进行诊断。康复治疗方面提供结构化教育、行为分析、感觉统合训练等综合干预措施，建立从诊断到康复的全流程服务体系。医院定期开展家长培训课程，帮助家庭掌握科学的教养方法，年接诊自闭症患儿超过2000例。
2.南京市儿童医院
南京市儿童医院发育行为儿科开设自闭症专病门诊，拥有专业的评估团队和康复治疗师队伍。医院引进Gesell发育量表、PEP-3评估系统等国际标准化工具，建立多学科会诊机制。康复训练区配备语言治疗室、行为训练室和社交技能训练室，开展应用行为分析、人际关系发展干预等前沿。医院与特殊教育机构合作，为学龄期患儿提供转介服务，形成医疗-教育衔接的全程管理模式。
3.江苏省人民医院
江苏省人民医院康复医学科设有儿童康复中心，针对自闭症开展系统化康复治疗。医院配置的经颅磁刺激治疗仪、生物反馈训练系统等设备，结合运动、作业和言语治疗进行综合干预。特色项目包括社交技能团体训练、生活自理能力培养和感觉统合训练，建立个性化康复档案进行长期随访。医院参与多项自闭症科研项目，将新研究成果应用于临床实践。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科神经发育障碍门诊专注自闭症谱系障碍的早期识别和干预。医院采用标准化发育评估流程，结合基因检测和脑影像学检查提高诊断准确性。康复治疗注重核心症状改善，通过游戏治疗、音乐治疗和认知训练促进患儿社会交往能力发展。医院开展家长支持小组活动，提供家庭干预指导手册，建立医院-家庭联动的康复模式。
5.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院儿童保健科开设自闭症筛查门诊，使用M-CHAT等筛查工具进行早期发现。医院配备专业的评估室和训练教室，开展基于循证医学的行为干预和发育促进训练。特色服务包括社交故事、图片交换沟通系统训练和情绪管理课程，针对不同年龄阶段设计阶梯式康复计划。医院与社区康复机构建立转诊网络，为患儿提供连续性医疗服务。
