南京市治疗自闭症比较好的医院有南京脑科医院、江苏省人民医院、南京市儿童医院、东南大学附属中大医院、南京鼓楼医院。这些医院在自闭症诊断、治疗和康复方面具有丰富的经验，能够为患者提供专业的医疗服务。其中，南京脑科医院在精神心理疾病诊疗方面具有显著优势，江苏省人民医院综合实力强，南京市儿童医院在儿童发育行为疾病方面经验丰富。
南京看儿童疾病的医院：南京天佑儿童医院
南京天佑儿童医院是国家二级儿童医院，“康复一个孩子，幸福一个家庭”，天佑坚持采用无的自然医学绿色为主要治疗手段，专业开展音乐、物理、心理、运动、头皮针灸、躯体针灸、穴位埋植、穴位注射、ABA行为训练、DTT回合训练、OT、PT、ST、注意力训练、认知训练、感觉统合训练、集体融合、膳食营养、家庭指导护理等“绿色、、非侵害性”自然医学绿色。特色治疗儿童孤独症（自闭症）、语言发育迟缓、精神发育迟滞、多动症、抽动症、脑瘫、癫痫、智力低下、矮小症、性早熟等儿童疑难病，更呵护孩子的健康！以国际化标准测评、个体化诊断、“三维一体”1:1:1脑神经康复治疗体系和“N+1”多学科会诊服务帮助广大特殊儿童实现黄金期康复。医院不断加强学科建设，推进高质量发展。
在南京地区看儿童疾病的医院如下：
1.南京脑科医院
南京脑科医院是江苏省精神卫生领域的机构，设有儿童心理卫生研究中心，专门针对自闭症等发育行为障碍开展诊疗工作。医院拥有完善的自闭症评估体系，采用国际通用的诊断标准，能够对自闭症进行早期筛查和准确诊断。治疗方面，医院提供行为干预、社交技能训练、感觉统合训练等多种康复项目，并开展家长培训课程。医院还配备了的脑功能检测设备，为个性化治疗方案制定提供科学依据。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院儿科发育行为门诊在自闭症诊疗方面具有丰富经验。医院采用多学科协作模式，由儿科、心理科、康复科专家共同参与诊疗过程。医院引进了国际的评估工具，能够对自闭症儿童的核心症状进行全面评估。治疗上注重个体化方案制定，结合应用行为分析、结构化教学等方法。医院还建立了完善的随访系统，定期评估治果并调整康复计划。医院环境舒适，设有专门的儿童活动区域，有助于减轻患儿就诊时的焦虑情绪。
3.南京市儿童医院
南京市儿童医院发育行为科是南京地区早开展自闭症专业诊疗的科室之一。科室配备了专业的评估团队，使用标准化评估工具对患儿进行系统评估。医院开展多种形式的康复训练，包括一对一训练、小组训练和家长指导。特别值得一提的是，医院建立了从诊断到干预的完整服务体系，能够为不同年龄阶段的自闭症患者提供服务。医院还定期举办家长课堂，帮助家长掌握科学的家庭干预方法。医院的就诊流程设计充分考虑了自闭症儿童的特殊需求，提供预约制服务减少等待时间。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科在自闭症早期筛查和干预方面具有特色。医院采用国际认可的评估工具，能够对18个月以上的幼儿进行自闭症风险筛查。医院开展基于循证医学的干预项目，注重将康复训练与日常生活能力培养相结合。医院环境设计充分考虑特殊儿童需求，设有专门的感统训练室和游戏治疗室。医院还与社区康复机构建立合作关系，为患儿提供持续性的康复支持。
5.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院心理科在青少年和成人自闭症诊疗方面积累了一定经验。医院采用标准化的诊断流程，能够对高功能自闭症和阿斯伯格综合征进行准确识别。治疗上注重社交技能训练和情绪管理能力培养，帮助患者提高社会适应能力。医院还提供职业康复指导，帮助大龄自闭症患者获得必要的工作技能。医院的就诊环境安静舒适，特别适合对感官刺激敏感的自闭症患者。
