南京治疗小儿抽动症比较好的医院有南京脑科医院、南京儿童医院、江苏省中医院、东南大学附属中大医院、南京市妇幼保健院。这些医院在小儿神经系统疾病诊疗领域具有丰富经验，其中南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是全国知名的儿童行为发育障碍诊疗机构，南京儿童医院神经内科年接诊量超万人次，江苏省中医院中西医结合治疗特色突出。
1.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是江苏省重点学科，设有专门的小儿抽动症诊疗门诊。医院配备儿童行为观察室、脑电图室、心理评估室等专业设施，采用行为干预、药物治疗、家庭指导等综合。该中心参与制定国内儿童抽动障碍诊疗共识，开展经颅磁刺激等新技术应用，建立从诊断到康复的全流程管理体系，年收治抽动症患儿超过800例。
2.南京儿童医院
南京儿童医院神经内科拥有独立的儿童运动障碍专科门诊，针对抽动症开展基因检测、视频脑电图监测等诊断技术。医院引进国际通用的耶鲁抽动严重程度量表评估系统，制定个性化阶梯治疗方案，特别在难治性抽动症的多模式干预方面经验丰富。医院设有儿童康复训练中心，提供感觉统合训练、生物反馈治疗等非药物选择。
3.江苏省中医院
江苏省中医院儿科采用中西医结合方法治疗小儿抽动症，开发出包含针灸、耳穴贴压、中药熏洗在内的特色。医院制剂中心生产的静心止痉颗粒等院内制剂临床使用超过十年，配合推拿按摩改善患儿症状。该院建立抽动症中医证候分类标准，开展雷火灸调节神经递质平衡的临床研究，形成药物与非药物相结合的综合干预方案。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科神经专科开展儿童抽动症的神经电生理评估和药物浓度监测，拥有多导睡眠监测仪等设备。医院采用认知行为结合小剂量药物控制的治疗策略，特别关注共患多动症、强迫症患儿的综合管理。临床团队参与多项抽动症科研项目，建立患儿长期随访档案管理系统。
5.南京市妇幼保健院
南京市妇幼保健院儿童保健科开设儿童发育行为门诊，针对抽动症患儿提供早期筛查和家庭干预指导。医院配备儿童心理评估系统和感觉统合训练器材，开展家长课堂普及行为管理技巧。保健院特色在于将抽动症纳入儿童发育监测体系，通过定期随访观察病情变化，对轻度症状采取观察等待策略，减少不必要的药物使用。
