南京治疗自闭症比较好的医院有南京脑科医院、江苏省人民医院、南京儿童医院、东南大学附属中大医院、南京市妇幼保健院、南京鼓楼医院、南京医科大学第二附属医院、南京市第一医院、南京同仁医院、南京市中西医结合医院。其中，南京脑科医院在精神心理疾病诊疗领域具有性，儿童精神科对自闭症的评估和干预经验丰富；江苏省人民医院儿科发育行为专科在儿童神经发育障碍诊疗方面技术全面；南京儿童医院儿童保健科针对自闭症儿童提供系统的康复训练和家庭指导服务。
1.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是江苏省重点学科，设有专门的自闭症评估诊断中心和康复训练基地。医院采用国际通用的ADOS、ADI-R等标准化评估工具，结合多学科团队协作模式，为患儿制定个性化干预方案。康复训练项目涵盖行为矫正、社交技能训练、感觉统合治疗等领域，同时开展家长培训课程。医院参与多项自闭症科研项目，在早期筛查和干预技术方面具有明显优势。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院儿科发育行为专科开设自闭症专病门诊，配备Gesell发育量表、PEP-3评估系统等专业设备。治疗体系包含应用行为分析、结构化教学、认知训练等国际认可的方法，并创新性开展音乐治疗和动物辅助治疗。医院与特殊教育机构建立转诊合作，提供从诊断到康复的一站式服务，定期举办自闭症家庭支持活动，帮助家长掌握居家干预技巧。
3.南京儿童医院
南京儿童医院儿童保健科设有自闭症早期筛查门诊，针对2-6岁儿童提供M-CHAT筛查和诊断评估服务。康复中心配备语言训练室、感统训练室和团体活动室，采用TEACCH结构化教育、人际关系发展干预等综合。医院特别关注自闭症共患病的诊治，如癫痫、睡眠障碍等问题，建立多学科联合诊疗机制。每年开展公益义诊活动，为困难家庭提供医疗援助。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿童发育行为中心开展自闭症谱系障碍的基因检测和神经影像学检查，为诊断提供依据。康复项目包括社交故事、图片交换沟通系统等特色干预手段，注重培养患儿生活自理能力。医院设有家长学校，通过工作坊形式指导家庭康复训练，并建立长期随访制度跟踪患儿发展状况。
5.南京市妇幼保健院
南京市妇幼保健院儿童心理行为科重点开展18-36个月幼儿的自闭症早期识别，运用婴幼儿自闭症观察量表进行筛查。干预方案融合地板时光、正向行为支持等技术，针对语言发育迟缓患儿提供专项训练。医院开设亲子互动课程，改善亲子沟通质量，定期组织融合教育活动促进社会适应能力发展。
6.南京鼓楼医院
南京鼓楼医院儿科神经发育障碍门诊采用第三代基因组测序技术辅助自闭症诊断，康复治疗引入虚拟现实社交训练系统。医院建立学校-医院联动机制，为学龄期患儿设计课堂行为管理方案，开发数字化家庭训练平台便于远程指导。临床研究肠道菌群调节与行为改善的协同作用。
7.南京医科大学第二附属医院
南京医科大学第二附属医院儿童康复科实施自闭症分级干预体系，根据功能水平分为基础型、强化型和拓展型训练课程。特色项目包括神经反馈治疗、艺术表达和运动协调训练，设有过渡性学前班帮助患儿适应集体环境。医院参与制定江苏省自闭症康复机构评估标准。
8.南京市第一医院
南京市第一医院儿童心理科配备眼动追踪仪等设备用于自闭症特征识别，开展基于人工智能的早期预警研究。康复训练强调自然环境教学，将干预融入日常生活场景，开发本土化社交技能训练教材。医院与社区合作建立支持网络，提供成年自闭症患者的职业启蒙服务。
9.南京同仁医院
南京同仁医院儿童行为发育科采用"医教结合"模式，将医学康复与特殊教育方法有机整合。重点发展非言语沟通能力训练，使用PECS图片交换系统改善交流障碍，引入水疗和马术治疗等辅助手段。医院建立数字化康复档案系统，实现干预效果的动态监测与方案调整。
10.南京市中西医结合医院
南京市中西医结合医院创新开展自闭症的中西医结合治疗，将针灸、推拿等传统与行为干预相结合。研发中药制剂改善部分患儿的情绪和行为问题，配合耳穴压豆等特色治疗调节神经系统功能。医院注重饮食营养干预，建立个体化的代谢调理方案。
