南京治疗自闭症比较好的医院有南京脑科医院、南京儿童医院、江苏省人民医院、东南大学附属中大医院、南京市妇幼保健院等。这些医院在自闭症诊断、康复训练和综合治疗方面积累了丰富经验，能够为患者提供专业化的医疗服务。
1.南京脑科医院
南京脑科医院是江苏省精神卫生领域的机构，设有专门的儿童心理卫生研究中心，针对自闭症谱系障碍开展系统化诊疗。医院配备的评估工具和康复设备，采用行为干预、结构化教育等多种方法，为不同年龄段患者制定个性化治疗方案。医院还开展家长培训课程，帮助家庭掌握科学的干预技巧，形成医院-家庭联动的康复模式。
2.南京儿童医院
南京儿童医院发育行为儿科在自闭症早期筛查和干预方面具有突出优势。医院建立了多学科协作团队，整合儿保科、神经内科、康复科等资源，为患儿提供全面评估。医院引进了国际认可的评估量表，开展语言训练、社交技能培养等特色项目，特别注重在游戏和自然情境中促进患儿能力发展。医院环境设计充分考虑特殊儿童需求，营造温馨舒适的就诊氛围。
3.江苏省人民医院
江苏省人民医院儿科康复中心在自闭症综合治疗方面形成特色体系。医院采用医教结合模式，将医学治疗与教育干预有机融合，建立了个别化训练、小组活动和集体课程相结合的多层次干预方案。医院配备的感统训练设备和多媒体教学系统，定期评估治果并及时调整康复计划。医院还与社区机构合作，为患儿提供延续性康复服务。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿童发育行为中心在自闭症科研与临床方面具有较强实力。医院开展基因检测、脑功能评估等诊断项目，为治疗提供科学依据。康复训练注重生活技能培养，通过情景模拟、角色扮演等方式提升患儿社会适应能力。医院定期举办专业讲座和亲子活动，促进医患沟通和社会支持网络构建。
5.南京市妇幼保健院
南京市妇幼保健院儿童保健科在自闭症早期识别和干预积累丰富经验。医院建立了完善的发育筛查体系，针对婴幼儿开展定期发育监测。对于确诊患儿，医院提供感觉统合训练、行为矫正等综合干预，特别关注语言沟通和情绪管理能力的培养。医院环境温馨友好，治疗过程注重保护患儿心理健康，帮助建立积极的治疗体验。
