南京检查小儿抽动症比较好的医院有南京脑科医院、南京儿童医院、江苏省中医院、东南大学附属中大医院、南京市第一医院。这些医院在小儿神经系统疾病诊疗方面具备专业经验，其中南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是全国重点学科，拥有完善的儿童行为评估体系；南京儿童医院神经内科年接诊量超万人次，配备视频脑电图等专项检查设备；江苏省中医院儿科采用中西医结合诊疗模式，对抽动症辨证分型治疗具有特色。
1.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是国家临床重点专科，针对小儿抽动症建立多学科联合诊疗流程。医院配备儿童专用经颅磁刺激仪、事件相关电位检测系统等设备，可进行抽动严重程度量表（YGTSS）评估及共患病筛查。开展认知行为、生物反馈治疗等非药物干预，对难治性病例提供重复经颅磁刺激（rTMS）技术。门诊实行分级诊疗制度，设有抽动症专病随访档案管理系统，定期追踪患儿发育情况。
2.南京儿童医院
南京儿童医院神经内科设有小儿神经电生理检查中心，可完成24小时动态脑电图、肌电图等检测。针对抽动症患儿采用阶梯式治疗方案，轻度病例优行感觉统合训练，中重度患者结合美国FDA批准药物进行个体化用药指导。医院参与制定《中国儿童抽动障碍诊断与治疗专家共识》，开设家长课堂指导家庭行为管理，近年引进欧洲儿童运动障碍评估系统（MD-CRS），提升诊断客观性。
3.江苏省中医院
江苏省中医院儿科将传统中医辨证与现代诊疗技术结合，将抽动症分为肝风内动、痰火扰神等证型，开发熄风止痉颗粒等院内制剂。治疗采用头皮针、耳穴压豆等外治法配合中药汤剂，减少西药。医院联合南京中医药大学开展儿童抽动症流行病学研究，建立中医体质辨识数据库，对伴有注意力缺陷的患儿实施针灸联合行为，临床数据显示总超过80%。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科神经专科开展儿童抽动症全病程管理，引进加拿大TWSTRS抽动评分系统。医院拥有3.0T磁共振、多导睡眠监测仪等设备，可鉴别癫痫、风湿性舞蹈病等相似疾病。治疗上采用药物浓度监测指导下的用药，对发声性抽动开展言语训练，建立学校-家庭-医院三方联动干预模式，每年举办儿童神经发育障碍公益讲座。
5.南京市第一医院
南京市第一医院儿科开展儿童抽动症标准化诊疗，参与华东地区抽动症流行病学调查项目。门诊配备儿童专用诊室和游戏治疗区，采用美国耶鲁综合抽动严重程度量表进行评估，对共患多动症患儿执行双重干预方案。医院与南京师范大学心理学院合作开发VR注意力训练系统，通过虚拟场景改善患儿症状，近年开展经皮迷走神经刺激（taVNS）新技术临床试验。
