南京治疗小儿抽动症比较好的医院有南京脑科医院、江苏省人民医院、南京儿童医院、东南大学附属中大医院、南京市第一医院等。这些医院在小儿神经系统疾病诊疗领域具有丰富经验，其中南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是全国知名的儿童行为发育障碍诊疗机构；江苏省人民医院儿科神经专科在抽动症综合干预方面形成特色；南京儿童医院神经内科年接诊量逾千例，建立了规范的评估治疗体系。
1.南京脑科医院
南京脑科医院儿童心理卫生研究中心是江苏省重点学科，开设抽动症专病门诊20余年。医院配备儿童行为观察室、脑电图监测室等专业设施，采用药物干预结合行为、生物反馈等综合治疗模式。针对难治性病例可开展多学科会诊，近年引进重复经颅磁刺激技术，对改善抽动症状具有显著效果。医院定期举办家长课堂，指导家庭护理技巧，年治疗抽动症患儿超800例，症状缓解率达85%以上。
2.江苏省人民医院
江苏省人民医院儿科神经专科将抽动症纳入儿童慢性病管理项目，建立个体化治疗档案。科室采用国际通用的耶鲁抽动严重程度量表进行评估，结合视频脑电监测排除癫痫等共患病。治疗方面除常规药物外，创新性应用中医耳穴贴压辅助治疗，开发了针对学龄期儿童的认知行为训练课程。医院设有儿童康复训练室，通过感觉统合训练改善患儿伴随的注意力问题，近三年收治病例中92%实现症状可控。
3.南京儿童医院
南京儿童医院神经内科年接诊抽动症患儿超1200例，开设"抽动症-多动症联合门诊"。医院引进国际的儿童行为评估系统，能够区分单纯抽动与妥瑞氏综合征。治疗采用阶梯式管理方案，对中重度患儿开展住院强化治疗，配备专业的儿童心理治疗师团队。医院参与制定《中国儿童抽动障碍诊疗共识》，其特色营养干预方案能有效降低药物发生率较常规治疗降低40%。
4.东南大学附属中大医院
东南大学附属中大医院儿科神经专业组开展抽动症诊疗已18年，建立从筛查到康复的全流程服务体系。医院拥有儿童神经电生理检测中心，可进行24小时动态脑电监测。治疗上注重患儿生活质量改善，开发了适用于不同年龄段的心理干预工具包，联合康复科开展运动。近年开展经颅直流电刺激临床研究，为难治性病例提供新选择。
5.南京市第一医院
南京市第一医院儿科设立儿童神经行为发育亚专科，对抽动症实行分级诊疗制度。医院引进加拿大抽动症数字评估系统，实现症状的量化跟踪。治疗采用药物与非药物干预并重策略，特别关注共患焦虑障碍的识别与处理。医院与学校建立转诊绿色通道，开发了适用于教师的课堂观察量表，其家校联动管理模式使复发率降低35%。
