卵巢囊肿区分良性恶性主要通过影像学检查、肿瘤标志物检测及病理活检综合判断。良性囊肿多表现为囊壁光滑、无实性成分，恶性囊肿常伴有囊实性混合、血流信号丰富等特征。
超声检查是初步筛查卵巢囊肿性质的首选方法。良性囊肿通常呈现单房、薄壁、无乳头状突起，内部回声均匀。恶性囊肿往往显示多房、厚壁分隔、实性结节或乳头状结构，彩色多普勒可见丰富血流信号。CT或MRI能更清晰显示囊肿与周围组织关系，恶性囊肿可能出现腹膜种植转移或淋巴结肿大。血清肿瘤标志物检测中，CA125水平升高与卵巢癌相关性较强，但需注意子宫内膜异位症等良性疾病也可能导致CA125轻度增高。HE4联合ROMA指数计算可提高鉴别准确性。对于绝经后女性，任何卵巢囊肿均需警惕恶性可能。
部分特殊情况需特别关注。妊娠期发现的卵巢囊肿生长迅速需排除恶性肿瘤。青春期前女童出现卵巢囊肿必须详细排查。快速增大的囊肿、伴随腹水或消瘦等症状时恶性概率显著增加。某些特殊类型囊肿如畸胎瘤虽属良性，但未成熟畸胎瘤具有恶性倾向。家族中有乳腺癌或卵巢癌病史者，应进行BRCA基因检测辅助评估。
终确诊需依赖病理组织学检查。腹腔镜或开腹手术中取活检标本进行冰冻切片检查，可即时判断性质指导手术范围。对于疑似晚期卵巢癌患者，术前穿刺活检存在肿瘤扩散风险，通常直接手术探查。术后石蜡切片病理检查是诊断金标准，可明确组织类型与分化程度。建议发现卵巢囊肿后定期随访监测，若出现性质改变迹象应及时干预。保持规律妇科检查有助于早期发现病变。
