肝癌患者甲胎蛋白不一定会升高，约60%-70%的原发性肝癌患者会出现甲胎蛋白升高，但仍有部分患者指标正常。甲胎蛋白水平受肿瘤类型、分期及个体差异等多因素影响。
甲胎蛋白是肝癌诊断的重要血清学标志物，其升高与肝细胞癌密切相关。肿瘤体积较大或处于进展期的患者，因癌细胞分泌甲胎蛋白能力增强，检测值往往超过400微克每升。合并肝硬化背景的患者，由于肝细胞异常增生，甲胎蛋白可能出现中度升高。部分高分化的肝细胞癌或胆管细胞癌，因肿瘤细胞保留正常肝细胞部分功能，甲胎蛋白可能维持在正常参考范围内。肝炎活动期、胚胎性肿瘤等非肝癌疾病也可能导致该指标异常。
临床存在甲胎蛋白阴性肝癌病例，这类患者通常肿瘤负荷较小或属于特殊病理类型。影像学检查发现肝脏占位但甲胎蛋白正常时，需结合异常凝血酶原、甲胎蛋白异质体等辅助指标判断。某些转移性肝癌因原发灶特性，甲胎蛋白检测结果可能始终未见异常。极少数患者因基因突变导致甲胎蛋白合成障碍，即使发生肝癌也不会出现指标升高。
建议肝癌高危人群每半年进行肝脏超声联合甲胎蛋白筛查，异常结果需进一步做增强CT或核磁共振检查。甲胎蛋白正常者若出现持续性右上腹痛、消瘦等症状，仍须完善肿瘤标志物组合检测。确诊肝癌后应根据病理类型制定个体化治疗方案，甲胎蛋白数值变化可作为评估参考而非标准。
