国内治疗眼科疾病实力较强的医疗机构包括中山大学中山眼科中心、首都医科大学附属北京同仁医院、复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、天津市眼科医院、山东省眼科医院、温州医科大学附属眼视光医院、上海市第一人民医院眼科、四川省人民医院眼科、浙江大学医学院附属第二医院眼科中心、华中科技大学同济医学院附属同济医院眼科等。以下重点介绍三家具有代表性的眼科专科医院。
1.中山大学中山眼科中心
作为连续多年位列复旦版《中国医院专科综合排行榜》的眼科机构，该中心拥有12个临床亚专科和6个医技科室，年门诊量逾110万人次。其角膜病专科开展各类角膜移植手术量居全球前列，青光眼专科在国内率先引入微创手术技术，近视防控团队建立了覆盖华南地区的青少年视力筛查网络。中心配备有全飞秒激光系统、共焦显微镜等国际设备，自主研发的眼科人工智能诊断系统已应用于糖尿病视网膜病变筛查。承担国家重点研发计划等科研项目40余项，近五年获得国家科技进步奖二等奖2项。
2.首都医科大学附属北京同仁医院
这家拥有140余年历史的眼科专科医院，在眼外伤救治领域形成显著优势，年急诊量超过8万例次。其眼底病科开展27G微创玻璃体手术数量居全国，白内障专科年手术量突破3万台。医院设有国家眼科诊断与治疗设备工程技术研究中心，自主研发的广角眼底成像系统填补国内技术空白。在遗传性眼病基因治疗方面取得突破性进展，完成国内首例Leber先天性黑朦基因治疗临床试验。连续五年牵头制定《中国青光眼诊疗专家共识》等行业规范。
3.复旦大学附属眼耳鼻喉科医院
该院眼科年手术量达4.2万余台，其中近视矫正手术量连续十年保持华东地区第一。其视光学专科建立包含角膜塑形镜验配、双眼视功能训练等完整矫治体系，视网膜脱离复位手术成功率维持在98%以上。医院拥有国内眼内肿瘤诊疗中心，创新性开展眼动脉超选择化疗技术。作为国家药物临床试验机构，近三年参与国际多中心眼科新药研究项目17项。自主研发的OCT影像分析系统获CFDA三类医疗器械认证，已在全国300余家医疗机构推广应用。
其他优秀眼科医疗机构如天津市眼科医院在斜弱视治疗领域形成特色，年完成儿童斜视手术2000余例；温州医科大学附属眼视光医院建立的"眼视光医学"学科体系被纳入全国高等教育专业目录；山东省眼科医院在角膜材料保存技术方面达到国际水平，建成国内大的眼组织库。这些医疗机构共同构成了我国眼科诊疗服务的技术高地。
