上海儿童专科医院排名靠前的医疗机构包括复旦大学附属儿科医院、上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心、上海市儿童医院、上海新华医院儿童医学中心、上海儿童医学中心（浦东）等。以下重点介绍前三家医院。
1.复旦大学附属儿科医院
复旦大学附属儿科医院创建于1952年，是国家儿童医学中心主体单位之一，拥有国内的新生儿重症监护、血液肿瘤、心血管等专科。医院年门急诊量超200万人次，开放床位800张，配备儿童专用磁共振、CT等设备。其特色包括危重新生儿转运网络覆盖全国，以及开展儿童肝移植等高难度手术。医院承担多项科研项目，牵头制定儿童疾病诊疗指南，设有独立的儿童急救中心与儿童康复中心。
2.上海交通大学医学院附属上海儿童医学中心
上海儿童医学中心为国家儿童医学中心联合主体单位，1998年由上海市人民政府与健康基金会合作建立。医院重点发展心脏中心、血液肿瘤中心、发育行为儿科三大支柱学科，其中先天性心脏病手术量连续十年居全国首位。医院拥有符合国际标准的杂交手术室、儿童睡眠监测中心等特色平台，参与制定国内儿童先心病介入治疗技术规范。其儿童保健科提供从新生儿到青少年的全周期健康管理服务。
3.上海市儿童医院
上海市儿童医院始建于1937年，设有北京西路和泸定路两个院区，总建筑面积12万平方米。医院在遗传代谢病、内分泌疾病、肾脏疾病诊治方面具有优势，拥有国内儿童罕见病临床研究中心。年手术量超1.5万台次，开展儿童机器人辅助手术等技术。医院设有华东地区规模大的儿童睡眠障碍诊疗中心，其儿童保健科提供营养评估、心理行为发育监测等特色服务。
上述医院均通过JCI国际认证，配备儿童专用医疗设施，开展多学科联合诊疗模式。选择时需结合专科优势与地理位置，复旦大学附属儿科医院在综合救治能力方面较为突出，上海儿童医学中心在心血管领域更具特色，上海市儿童医院则在慢性病管理方面经验丰富。建议通过官方渠道预约挂号，部分热门专科需提前规划就诊时间。
