巢湖市附近治疗儿科疾病比较好的医院有安徽省儿童医院、合肥市第一人民医院、安徽医科大学第一附属医院、合肥市妇幼保健院、合肥市第二人民医院等。其中，安徽省儿童医院是省内规模大、专科设置全的儿童专科医院，拥有完善的儿科诊疗体系和的医疗设备。合肥市第一人民医院儿科综合实力较强，设有新生儿科、儿童保健科等亚专科。安徽医科大学第一附属医院儿科作为省级重点学科，在疑难重症患儿救治方面经验丰富。
安徽省儿童医院是全省的三级甲等儿童专科医院，开放床位1500张，年门诊量超120万人次。医院设有28个临床科室，涵盖新生儿科、呼吸科、神经内科等所有儿科亚专业，拥有儿童重症监护病房(PICU)和新生儿重症监护病房(NICU)。医院配备3.0T磁共振、64排CT等高端设备，在儿童白血病、先天性心脏病等疑难病症诊治方面具有显著优势。医院作为安徽省儿科医疗质量控制中心挂靠单位，承担着全省儿科医疗技术指导和人员培训工作。
合肥市第一人民医院儿科是安徽省临床重点专科，设有普通儿科、新生儿科和儿童保健科三个病区。医院儿科年门诊量约15万人次，住院患儿超4000例次，拥有标准化新生儿病房和儿童重症监护单元。在儿童呼吸道疾病、消化系统疾病诊治方面形成特色，开展儿童支气管镜、胃肠镜等检查技术。医院儿科与上海儿童医学中心建立长期合作关系，定期开展疑难病例远程会诊，为巢湖地区患儿提供便捷的优质医疗服务。
安徽医科大学第一附属医院儿科是安徽省首批临床重点专科，开放床位120张，年收治住院患儿5000余例。科室在儿童肾脏疾病、内分泌疾病和遗传代谢病诊治方面具有优势，设有儿童血液净化中心和遗传代谢病筛查实验室。医院儿科急诊24小时开放，配备独立的儿童抢救室，年急诊量超过8万人次。作为住院医师规范化培训基地，医院儿科承担着全省儿科医师培训任务，医疗技术辐射整个巢湖流域地区。
合肥市妇幼保健院儿童医疗中心是合肥市重点学科，设有儿科门诊、急诊和住院部。医院在儿童保健、新生儿疾病筛查方面具有特色，开展儿童生长发育监测、营养指导等服务。儿科病房配备中央监护系统，重点收治新生儿黄疸、肺炎等常见病患儿。医院拥有全市规模大的儿童康复中心，为脑瘫、发育迟缓等特殊儿童提供康复治疗。作为合肥市新生儿急救中心，承担着周边地区危重新生儿转运救治任务。
合肥市第二人民医院儿科是合肥市东北部地区主要的儿童诊疗中心，设有普通儿科和新生儿科两个病区。医院儿科年门诊量约10万人次，在儿童哮喘、过敏性疾病的规范化治疗方面经验丰富。配备儿童肺功能检测仪、过敏原检测系统等专科设备，开展儿童雾化吸入治疗、脱敏治疗等项目。医院儿科与安徽省立医院建立医联体合作关系，实现优质医疗资源共享，为巢湖北部地区儿童提供便捷的诊疗服务。
