菏泽市附近治疗性功能障碍比较好的医院有菏泽市立医院、菏泽市中医医院、菏泽市牡丹人民医院、菏泽市第二人民医院、菏泽市第三人民医院等。其中菏泽市立医院作为三级甲等综合医院，泌尿外科设备，诊疗经验丰富；菏泽市中医医院在中医药调理方面具有特色优势；菏泽市牡丹人民医院设有独立的男科门诊，提供个性化治疗方案。
菏泽市立医院泌尿外科是市级重点专科，配备尿动力学检测仪、阴茎血流多普勒等专业设备，可开展夜间勃起监测、阴茎血管造影等检查。该科室采用药物、物理及心理综合，针对不同病因制定个体化方案，年接诊性功能障碍患者超2000例。医院还设有男性健康管理门诊，提供长期随访服务。
菏泽市中医医院男科运用中西医结合诊疗模式，开发出补肾活血方、疏肝解郁汤等院内制剂。科室配备低频脉冲治疗仪、中药熏蒸床等设备，结合针灸、艾灸等传统，对功能性勃起障碍超过80%。医院定期开展男性健康讲座，建立患者交流群提供用药指导。
牡丹人民医院男科中心设有性功能康复治疗室，引进加拿大生物反馈仪、真空负压装置等器械。开展阴茎海绵体注射、低能量冲击波等特色治疗，对血管性阳痿治果显著。医院推行"一人一档"管理制度，治疗过程全程隐私保护，门诊实行预约分时段就诊。
该院泌尿外科拥有日本奥林巴斯电切镜、德国狼牌腹腔镜等设备，可开展精索静脉曲张显微结扎术等改善性功能的手术。科室建立心理评估量表筛查系统，联合精神科开展心因性功能障碍的认知行为治疗，近三年患者满意度保持在95%以上。
作为精神卫生专科医院，该院重点诊治焦虑、抑郁等心理因素导致的性功能障碍。配备多导生理记录仪、经颅磁刺激仪等设备，开展团体心理治疗、婚姻咨询等服务。医院环境私密温馨，实行严格的信息保密制度，年帮助600余例患者恢复性功能。
