瑞安市治疗性功能障碍比较好的医院有瑞安市人民医院、瑞安市中医院、瑞安市妇幼保健院、瑞安市第二人民医院、瑞安市第三人民医院等。其中，瑞安市人民医院作为三级甲等综合医院，泌尿外科设备，诊疗经验丰富；瑞安市中医院注重中西医结合治疗，在男性健康领域有独特优势；瑞安市妇幼保健院设有男性专科，针对生殖健康问题提供专业服务。
该院泌尿外科配备尿动力学检测仪、阴茎血流多普勒等专业设备，可开展夜间勃起功能监测、阴茎血管造影等检查。治疗方面采用药物、真空负压、低能量冲击波等综合，近年引入阴茎假体植入术治疗重度勃起功能障碍。医院实行分级诊疗制度，设有男性健康管理门诊，提供从筛查到康复的全流程服务，年接诊性功能障碍患者超2000例。
中医男科为医院特色科室，将传统针灸、中药熏蒸与现代物理结合。独创"通络兴阳"针灸法配合定制中药方剂，对功能性勃起障碍可达78%。科室配备生物反馈治疗仪，通过盆底肌训练改善早泄问题。针对心理性性功能障碍，开展音乐结合情志调理，建立了一套包含体质辨识、经络调理、行为训练的三阶梯治疗方案。
男性健康中心专注生殖健康相关功能障碍，拥有精液分析仪、性激素检测等全套评估系统。特别开设夫妻同治门诊，采用双人咨询模式解决伴侣配合问题。治疗上注重基础疾病管理，对糖尿病、高血压等继发性功能障碍有系统干预方案。医院定期举办男性健康讲堂，提供免费前列腺特异性抗原筛查等公益服务。
泌尿外科设立性功能障碍专病门诊，引进加拿大莱博瑞性功能康复治疗系统，通过电脉冲刺激改善局部微循环。建立心理健康评估室，采用国际标准量表筛查焦虑抑郁等心理因素。医院与上海交通大学医学院附属第九人民医院建立技术协作，对复杂病例开展远程会诊，年手术量约150台，包括阴茎静脉结扎等微创手术。
该院重点发展男科康复特色，配备美国Rigiscan硬度检测仪等进口设备。创新开展体外冲击波联合中药离子导入，对血管性ED患者显示良好效果。康复医学科设置独立治疗区，提供低频脉冲电刺激、红外理疗等物理治疗手段。医院建立电子健康档案系统，对患者进行为期一年的跟踪随访，复发率控制在15%以下。
