哈密市附近治疗不孕不育比较好的医院有哈密市中心医院、哈密市第二人民医院、哈密市妇幼保健院、新疆生产建设兵团第十三师红星医院、哈密市中医医院等。其中，哈密市中心医院作为当地综合性三甲医院，设有生殖医学中心，配备设备，提供不孕不育筛查与治疗服务；哈密市第二人民医院妇产科在不孕症诊疗方面经验丰富，开展输卵管造影、促排卵等常规治疗；哈密市妇幼保健院则专注于女性生殖健康，提供从基础检查到辅助生殖技术转诊的一站式服务。
哈密市中心医院生殖医学中心是东疆地区较早开展不孕不育诊疗的专科，拥有宫腹腔镜联合手术系统、全自动激素检测仪等设备，可完成精液分析、排卵监测、输卵管通畅性评估等基础检查。医院与乌鲁木齐三甲医院建立远程会诊机制，对复杂病例提供多学科协作方案，年接诊不孕不育患者超2000例。针对不同病因开展药物调理、宫腔镜微创手术、人工授精等技术，试管婴儿技术需转诊至上级医院。
该院妇产科设立不孕不育专科门诊，重点开展多囊卵巢综合征、子宫内膜异位症等常见病因的诊疗。配备阴道B超监测卵泡发育、输卵管通液治疗仪等基础设备，实施个性化促排卵方案。医院建立生殖内分泌实验室，可进行抗苗勒管激素（AMH）检测等生育力评估项目，近三年累计完成不孕症手术逾500台次，对输卵管粘连分离术等常规手术具有较高成功率。
作为专科医疗机构，设有孕前优生科与不孕不育门诊，重点开展女性生殖系统炎症、排卵障碍等基础治疗。医院引进三维超声成像系统，提高子宫畸形、卵巢储备功能评估的准确性。开展激素水平动态监测、精液常规检查等项目，对需要辅助生殖技术的患者提供绿色转诊通道至乌鲁木齐妇幼保健院。定期组织生育知识讲座，建立患者随访档案管理系统。
该院妇产科具备不孕症初级诊疗能力，可完成基础生育检查如性激素六项、甲状腺功能筛查等。针对男性少弱精症开展药物治疗，对女性轻中度盆腔粘连实施宫腹腔镜手术。医院与石河子大学医学院附属医院建立技术帮扶关系，复杂病例可通过远程会诊获得治疗方案。近年引进精子DNA碎片检测技术，提升男性不育诊断水平。
采用中西医结合方式治疗不孕不育，特色项目包括针灸促排卵、中药周期调理内分泌。医院研发的补肾调经方剂对卵巢功能低下患者具有临床效果，配合艾灸、穴位贴敷等外治法改善子宫血液循环。设立男女同诊室，提供生育咨询指导服务，对反复流产患者开展免疫学筛查。每年冬季开展"三九贴"生殖养护专项治疗。
